醍醐領を出たどろろは、滝の裏にそびえ立つ巨大な不動明王像を目にする。この不動の正体は、人間の顔を集め自分のものにしてしまう妖怪なのであった。
どろろと百鬼丸は訪れた焼け寺の跡地で、辺りを治める鯖目という男に出会う。鯖目の屋敷に招かれ焼け寺と妖怪の話を聞くが、不審な点を感じる二人。
鯖目は自分が治める里を守り抜くため、鬼神に人を喰わせていたのであった。百鬼丸は再び蛾の鬼神と対峙する。その頃、蔵に閉じ込められていたどろろは…。
どろろはイタチに連れられ、火袋が金を隠したとされる岬へと向かう。岬に渡るための舟を探していると、片腕の少年・しらぬいに声をかけられる。
寿海は戦場跡で血まみれになった百鬼丸と再会し、百鬼丸の奪われた身体と鬼神の関係を知る。新しい義足が欲しいと寿海に求める百鬼丸だったが…。
サメの鬼神が咆哮を上げ、身動きの取れないどろろに襲いかかる。その頃、岬には多宝丸の率いる軍勢が迫っていて…。
どろろと百鬼丸は折れた刀を直すため、宗綱という刀鍛冶が住む村を訪れる。宗綱の家に向かうと、娘のおこわの出迎えを受けるのであった。
妖怪を探し山道を歩いていたどろろと百鬼丸は、賽の目の三郎太という少年に出会う。自分も妖怪を狙っている、と言う三郎太と共に退治に向かうのであった。
醍醐景光は隣国の朝倉との戦の準備を進めていた。醍醐領に百鬼丸が向かっているという報せを受けた景光は、多宝丸を討伐に向かわせる。
醍醐の城に連れ去られ牢に閉じ込められてしまったどろろ。その牢の前に縫の方が現れる。一方、どろろと身体を取り戻さんと醍醐の城に向かおうとする百鬼丸の背後に、アヤカシと化したミドロ号が立っていて…。
百鬼丸は、鬼神の力を宿した多宝丸、陸奥、兵庫と対峙する。駆けつけたどろろ、縫の方、琵琶丸は、醍醐の国の行く末を巡る、凄まじい戦いを目のあたりにするのであった。
炎に包まれる醍醐の城。運命に翻弄される血を分けた兄弟。どろろ、寿海、縫の方はそれぞれの想いを胸に抱え城へ向かう。産声さえあげられなかったその命が辿り着く先は、果たして―。
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