京都で将軍警護の役目を終え、大阪にたどり着いたミブロ。メンバーたちが浮かれる中で、におと近藤は怪しい男を見つける。近藤が声をかけると男は逃げてしまった。男の名は山崎丞といい、実家がトラブルを抱えているという…。一方、太郎は、芹沢に連れられ意外な場所へ来ていた。芹沢の真意がわからず困惑する太郎だったが、ミブロでさらに頑張ろうと決意する。しかし、その帰り道でとんでもない事件に巻き込まれてしまう…。
芹沢が力士を斬ったことで起こった大乱闘。暴走する芹沢を止めた近藤は、争いを収めるため、にお、山崎と共に奉行所へと向かうことに。にお達を追いかけてきた太郎は事件の真相を語り、さらに山崎からは奉行所の吟味役が、山崎の実家に取り立てをしていた内山彦次郎であることも明かされる。近藤は「芹沢先生を助けてくれ」という太郎の願いを叶えるべく、ある決断をして奉行所へと乗り込むが…。果たして、芹沢への沙汰はいかに?
無駄な争いを避けるため、隊士を大幅に増やしミブロをさらに強く大きくするというにおの提案が受け入れられた。新隊士を募集すると、会場に列ができるほど志願者が集まる。荒くれ物や曲者も多いなか、意外にも土方は「今日ここに来た者は全員合格だ」と告げる。果たしてその真意は!?そんな中、におたちは長州藩の大物・桂小五郎と出会う。異国と戦争中の長州の重要人物がなぜ京の街に?そして桂の目にミブロはどう映ったのか!?
組織の拡大とともに近藤派と芹沢派の対立が激化。事態を収束させるべく、土方は、誰がミブロの長にふさわしいか投票するという案を決行する。拮抗した状況の中、ミブロの長に選ばれたのは…。そんな中、はじめは坂本龍馬との邂逅を果たす。日本を変えるためなら自分の意思も感情も必要ないと語る龍馬を、自分たちの世を壊しかねない危険な存在と感じ、はじめは刀に手をかけるが…
「我らは史上最強の集団である。それを忘れるな!」と説く芹沢の姿を見て、覚悟を決めた太郎は「自分にもお役に立てる仕事をください」と申し出る。すると芹沢は「お前がにおに飲ませろ」と太郎に“毒”を渡してきた。果たして太郎はどうするのか…。さらにある日、ミブロがお世話になっている八木家では、幼い子供、お菊が夜になっても帰ってこず、ミブロ総出で捜索することに。
夜の見回り中、土方は一人の少女と出会う。泣きながら「生きている意味がない」と言い、死のうとする少女に「生きてほしい」と説得する土方。力の強い者が笑い、弱い者が泣く世の現状を痛感した土方は、自分が守るべきものを再確認する。そんな中、大和屋で火事が発生。土方たちが現場に向かうと、衝撃の光景が広がっていた…。
御所で危急の動きがあり、会津から御所内警備の任務を命じられたミブロ。におたちは急ぎ御所へ向かうが、門番との諍いが起きて立ち往生。現状を治めるべく、近藤は出直しを決断するが、そこに“あの男”が駆けつけ門番たちを一喝。その圧倒的な存在感も相まって、一瞬でその場を治めることに成功する。そんな中、新見から呼び出された山南。新見は「芹沢に幕を引かせる」と山南に告げる。果たしてその真意とは…?
新見が自害したという知らせを受けたにおたち。現場の料亭へ向かうと、店主から、芹沢とみられる白い羽織の大男が、掃除代などを支払ったうえで返り血を浴びたまま悠々と引き上げていったという話を聞く。そんななか、近藤は芹沢を殺すことを土方ら一部のミブロ隊士に宣言。最終的に土方主導のもと暗殺が決行されることに。一方、はじめに任務が与えられた。それは、最期まで芹沢に尽くすつもりの太郎を救うことだった。
運命の日。宴が始まり、隊士らが盛り上がる一方、芹沢暗殺に向けて動く土方たちは緊張感を高めていた。一方、暗殺計画を知らないが何かが起こると予期しているにお、太郎を救う任を背負ったはじめ、芹沢の隣に最期まで立つと決めた太郎、三人は己の信念に従い、それぞれが行動を開始する。そして、ついに芹沢暗殺計画が始まる!果たして土方らの思惑通りに暗殺は果たせるのか?
「通すわけにはいかねぇ」。最期まで芹沢に付き従う覚悟の太郎を止めるべく、はじめが立ちはだかる。降りしきる雨の中、はじめが鋭い目を向けると、太郎は決意の表情となり刀を抜く!一方、土方、沖田、原田、山南は暗殺の最終段階に向け動き出す。芹沢のいる奥の間へ、二手に分かれて向かうが、沖田が不審な位置にある明かりを発見する。土方の判断で、そのまま踏み込む一行だが…。果たして、芹沢暗殺の結末は!?
これ以上、長くはかけられない上、犠牲者も出せない。自分たちが置かれた状況を判断して勝負をかけることを決意した沖田。二刀を手にし、芹沢に向け「我々は無傷で完遂します」と宣言する。それを受けた芹沢は不愉快そうに「この芹沢も、ナメられたものよ」とつぶやき、緊迫した空気が張り詰める…。そんななか、芹沢が一気に沖田に襲い掛かる!沖田と芹沢、ともにミブロの中でも随一の剣の腕を持つ二人の戦いの結末は…!?
土方と沖田の前から、重傷を負ったはずの芹沢が忽然と姿を消した。それは、におの手引きによるものだった。「まさか…わしを逃がそうとしているのか!?」におの行動に屈辱を感じる芹沢だが、ふと脳裏に浮かんだのは、不器用に微笑む太郎の姿。太郎のことを考えるうちに、生きたい、という気持ちが芽生える芹沢。そんななか、におに案内された場所には、芹沢が待ち望んでいた“あの人物”が立っていた…。
ついに実現した芹沢と近藤の一騎打ち。命を燃やし尽くすがごとく戦う芹沢の姿を見て、におはその生き様を心に刻む。傷だらけの芹沢との、一見無駄にも見える一騎打ちに黙って付き合う近藤の姿に、芹沢は改めて、近藤こそが自分が唯一認める天下の武士であると確信。ミブロのすべてを任せると宣言する。一方、別の場所では、太郎とはじめの戦いもついに決着が。泣き崩れる太郎に対し、はじめは、ある言葉を投げかける。
近藤にミブロの全てを託し、芹沢は旅立った。大きな存在を失ってから、ミブロは変わった。ミブロに潜入中の長州の間者の粛清を行うため、相手を油断させるなど、非情な手段を使うこともあった。「今のミブロのやり方は間違っている」と意見したにおに対し、土方は「もう子ども扱いはしない」と返答。今まではなかった意見のぶつかり合いも。そんな中、にお、はじめ、太郎の3人は、それぞれの想いを胸に、再び前に歩き出す…。
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