銀河系に、若返りの秘薬である<命の水>が蔓延していたが、<命の水>の摂取をやめれば、老化が加速され即死してしまう。<命の水>欲しさに犯罪に手を染めるものも現れる中、キャプテンフューチャーは密売人と元締めの不死帝王に関する捜査を開始する。
<命の水>が湧く<命の泉>がイオス星にあると判明し、キャプテンフューチャーはイオス星で三人の人物に接触するが、ありかを記した古文書が盗まれ、一人が殺されてしまう。なおも<命の泉>の秘密を探ろうとするのだが、ジョーンとオットーがさらわれ…。
ジョーンとオットーを取り返すべく、三人の容疑者のうちの一人に詰め寄り、手がかりをつかむキャプテンフューチャー。不死帝王のアジトがある場所を突き止めるが、敵は猛毒の茸の胞子の森に囲まれたアジトで、ジョーンとオットーを囮にしようとしていた。
<命の泉>の破壊のためキャプテンフューチャーは、<命の泉>の守護者の翼を持つ人々を説得する。一方、コメット号が敵が罠に落ち、オットーやグレッグが処刑されそうになっていた。果たして彼らの命運は?そして、明かされる不死帝王の意外な正体とは?
異次元の世界タラストからやってきた兄妹は、キャプテンフューチャーにタラストの滅亡を防ぐ手助けをするよう懇願する。なぜなら、彼がタラストの伝説の英雄、カフールに瓜二つだったからだ。タラストを脅かす邪悪な<凍れるもの>とは?
敵に捕らえられたグラッグを救うために、敵地に乗り込むキャプテンフューチャー。首尾よくグラッグを取り戻す中、<凍れるもの>が生み出されたいきさつを知り、その弱点の手がかりについて知っている<凍れるもの>の創り主ズウウルの子孫と出会うが…。
伝説の英雄カフールの名を騙った罰として、離魂形にかけられ、魂と肉体が分離されてしまうキャプテンフューチャーとその仲間たち。だが、かすかにテレバシーを発することができることを確認すると、<凍れるもの>のテレパシー増幅装置を利用しようと考える。
<凍れるもの>に降伏しようとしていたタラストの代表であるヴォストルを押しとどめ、敵と対峙する一同。<凍れるもの>の創り主であるズウウルの研究ファイルに記された、<凍れるもの>の驚くべき唯一の弱点とは?そして明かされる、英雄カフールの謎とは?
天王星の衛星チタニアで、古代デネブ人の遺跡から、驚くべき碑文が見つかる。それは異なる環境の星に移民を送り込むため、人間を改造する人工進化の技術の隠し場所を記したものだった。だが、悪用されることを危惧したキャプテンフューチャーは…。
残されたライトニング号を改造し、乗っ取られたコメット号を追跡しようとするキャプテンフューチャー。人間の顔と知性をもった<半獣人>がいる惑星アアルに、コメット号で先に到着したノートンたちは、野蛮な<人間もどき>と手を組もうとする。
ジョーンとケンを救出するために、敵の本拠地に乗り込んだキャプテンフューチャーだが、<人間もどき>に邪魔され、ジョーンと共に敵の手に落ちてしまう。彼らを助けるために、半獣人たちが<人間もどき>に戦いを挑む。果たして二人は無事救出されるのか!?
人工進化の秘密が隠された<生命の洞>を目指すキャプテンフューチャーたちに、敵のノートンと<人間もどき>が襲撃をしかける。果たして彼らは<生命の洞>を悪人の手から守りぬき、<半獣人>となった人々を人間に戻す方法を知ることができるのだろうか?
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