小惑星の上で、星を脱出するための宇宙船を作るために、不眠不休の作業をはじめるキャプテンフューチャーたちだが、囚人の一人が、この星には幽霊がいて、自分たちを殺そうとしていると言いはじめる。人間の精神を操る高い知能の生物が存在しているらしい。
キャプテンフューチャーたちの働きにより、脱出のための宇宙船フェニックス号は完成したが、燃料の制御に必要なカルシウムだけが足りない。強力な思考波で獲物をおびき寄せていた<小惑星の主>を逆に脅してカルシウムのありかを聞き出そうとするが…。
地球のテレビでは、キャプテンフューチャーの映画を製作するために、主役を募集していた。だが、地球政府は、その映画ロケにスティックス星の利権にからむ陰謀が隠されているとにらみ、キャプテンフューチャーに、役者としてロケ隊に潜入するよう依頼する。
映画の自分の役を演じる役者となって工業用ダイヤをめぐる陰謀をさぐるキャプテンフューチャーだが、、そこに飛び込む、オットー死亡の知らせ。黒幕であるヴァルディーンたちに疑惑の目を向けられる中、ベーム星での水中シーンの撮影に挑むが…。
スティックス星に舞台を移し、ロケを続けようとするが、採掘を拒むスティックス人はロケ隊を受け入れようとしない。だが、ヴァルディーンは、キャプテンフュチャー役の人間を利用して、スティックス人を説得するつもりだったのだ。
キャプテンフューチャーとヴァルディーン側のならず者が対立を続ける中、スティックス人の、全ての金属を侵食するという最終兵器が放たれ、人々は星を離れる手段を失くし、混乱していた。金属を侵食する胞子を除去して人々を救う方法とは…?
次々と消失する宇宙船に関する調査をしていたエズラ指令とジョーンが消息を絶った。接近するハレー彗星に事件の鍵があるとにらんだキャプテンフューチャーだが、彗星に近づいたコメット号も、彗星から発せられる強力な磁力によって動きがとれなくなてしまう。
彗星内部の都市は、電気人間たちによって支配されており、ジョーンまでもが電気人間に変えられていた。彗星都市の王ソリックスの前に引き出されたキャプテンフューチャーだが、ソリックス王は、<大いなる者>の意思に従い、宇宙船を捕まえているのだと言う。
ソリックス王や貴族を操る<大いなる者>アルルスの正体に迫るべく、宮殿に潜入するキャプテンフューチャーだが、強力な精神波によって捕らえられてしまう。アルルスは人間を電気人間に変えて支配し、ある野望を成し遂げようとしていた。
アルルスの野望をくじくべく、自らを電気人間に変えて、アルルスが進入してくる異次元からの出入り口を壊そうとするキャプテンフューチャー。彼がのぞいた悪夢のようなアルルスの異次元の世界とは?そして電気人間となった者たちは元の姿に戻れるのか?
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