人気レストランにやってきた蘭、小五郎、園子。遅れてコナンと阿笠博士も合流し中に入ると、変装した鈴木セキュリティー社長・南條が挨拶にやってくる。先日、金庫を盗んだ犯人を挑発したことで脅迫を受けており、ボディーガードまでつけられ窮屈そうな様子だ。その後、南條はトイレに行くためにその場を離れる。しばらく待っても先にトイレに行ったはずの博士が帰ってこないことに気が付いたコナンが、様子を見に行くと……!?
人気レストランを訪れたコナン、蘭、小五郎、園子、博士。博士は、そこに居合わせた南條に入れ替わりをお願いされる。しかし南條の誘拐を企てていた知苑夫婦に間違って攫われてしまった。犯人を追いかけるコナンは、その道中で神奈川県警の萩原千速に助けられる。千速のバイクで逃走車を追いかけるが、頼みの綱だった探偵バッジが処分されてしまった。博士は盗聴器を持っており、そこからの音だけを頼りに追跡を続けるが……。
依頼人である根本恵理子の自宅を訪れたコナン、小五郎、蘭。恵理子は三ヶ月前に夫の根本豊を交通事故で亡くした。少しずつ遺品整理をしていたところ、押し入れの奥で二千万円を発見。犯罪に関わっている可能性を考えた恵理子は、小五郎に出所を明らかにしてほしいと依頼したのだった。貯金や宝くじの可能性もあったが、小五郎は最近発生した強盗事件について調べ始める。コナンたちは候補を絞り、被害者の元を訪ねることにする。
コナンと小五郎はツクバ総業社長・筑波の遺体を発見。ビルの屋上から落ちたことが死亡の原因で、懐には謎のメッセージが入っていた。会社の幹部陣に話を聞くとメッセージの“三度目の正直”という言葉に反応が。筑波は数日の間に二度襲われていたのだ。「犯人が襲撃を成功させた」と捜査を始めようとするが、そこに筑波の叔母が駆け付け「自殺を仄めかすような連絡があった」と言う。他殺と自殺の両面で捜査が始まるが……。
新進気鋭のアーティスト・べこべ素子の展覧会にやってきたコナン、蘭、園子。素子は、伝統的な赤べこと現代アートを融合させた前衛的な作品を発表しており、世界でも注目を集めているらしい。三人が展示会場を見て回っていたところ、叫び声が聞こえてくる。駆け付けると、そこには首を絞められて絶命している素子の遺体があった。遺体の左手には赤べこ、右手の指の先には血のダイイングメッセージ『フク』が残されており……。
小五郎は、小説家の正村中に“交通事故で亡くなった靖木泰三の身元調査”を依頼される。靖木は仲の良かった友人もおらず、職場も転々としていた様子。調査中、靖木の実家から出てきた市議会議員・片岡弘樹も中学の同級生だったが、たまたま訃報を聞いただけで親しかったわけではないという。数日後、調査報告のために正村の自宅を訪ねた小五郎は、そこで正村が血を流し倒れているのを発見。さらに小五郎も襲われてしまう!
公園で遊んでいたコナン、歩美、元太、光彦、灰原は、茂みで男性の遺体を発見。到着した警察によると男性は近くのビルで金融業を営んでいる高松次郎で、金銭トラブルや強盗殺人の可能性などが考えられた。凶器の石に血がべっとりと付着していることから、犯人は相当な返り血を浴びているはずだということになる。ずっと公園に居たコナンたちは不審な人物を目撃しておらず、発見された血の付いた足跡も途中で無くなっており……。
「ロバノフ王朝の秘宝展」を訪れたコナン、蘭、園子。秘宝展の目玉は、ロバノフ王朝の王妃に受け継がれてきたという世界最大級のガーネットが埋め込まれたティアラ『王妃の前髪(クイーンズ・バング)』。怪盗キッドがティアラを盗むと予告したことで、秘宝展には長蛇の列ができていた。列の中に安室と梓を見つけ、コナンたちは一緒に並ぶことにする。そんな中、梓の提案で安室が暇つぶしのマジックを披露してくれるが……。
「ロバノフ王朝の秘宝展」の目玉であるティアラ『王妃の前髪(クイーンズ・バング)』が怪盗キッドに盗まれてしまった! 突如白い煙に包まれる展示エリア。煙が引いた頃にはケースの中のティアラも消えていた。変装が崩れてしまうため、怪盗キッドが準備されていたガスマスクをしていた可能性は低い。容疑者はマスクをしていない状態でティアラの近くに居た安室、梓、風見に絞られた。コナンは三人に探りを入れることにする。
不動産会社経営者・真田の依頼を受け自宅を訪れたコナンと小五郎。しかし真田は「依頼しようと思っていた件はもう結構」とキャンセル料を押し付けてくる。早く帰ってほしいという様子を見て小五郎が問い詰めると、真田は「殺害する気などなかった」と話し始める。三日前、真田の不動産会社に犬丸という男が訪ねてきた。身に覚えのない悪行でゆすられた真田は友人の川勝にも相談していたが、ある事件が起こってしまう。
古書店に設けられたトレーディングカードゲームプレイ用テーブルで、対戦を楽しむ光彦と元太。付き添いのコナン、歩美、灰原、阿笠博士。そこへトレーディングカードゲーム大会常連の新田、正木、財前、久野がやってくる。対戦前、財前はいつもの癖でトイレに立つ。財前の貴重なレアカードを見張るよう命令された久野の睨みもあり、コナンたちは新田と共に少し離れた場所に移動しようとする。そこで突然、店内が大混乱に陥り……。
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