コナンは、蘭、小五郎、平次、和葉と鷲雄山を登っていた。山頂で絶景を見られるということで、平次と和葉の恋を応援する蘭が計画した旅行だったが、雨が降ってきてしまう。雨宿りができる場所を探していたコナンたちは、昇楽寺に辿り着く。寺からでも絶景がみられると知り、のんびりすることに決めるが……。人魂と共に現れ、人を攫う魔物・紅蓮髑髏の言い伝え。コナンたちの前に現れた人魂。時を同じくして消えた小五郎の行方は!?
平次と和葉の恋を応援する蘭の計画で、絶景スポットである鷲雄山にやってきたコナン、蘭、小五郎、平次、和葉。雨宿りに訪れた昇楽寺で「人魂と共に現れ、悪さをした輩を攫って魂を食い尽くす」という魔物・紅蓮髑髏の言い伝えを聞く。すると本当に人魂が現れ、その先で行方をくらましていた僧侶・勘哲の遺体を発見。さらに小五郎も行方不明になり……。果たして、平次は事件を解決し、和葉に告白することができるのか!?
バードウォッチングにやってきたコナン、蘭、小五郎。森の中の一軒家を観察していたコナンは、そこに血まみれの遺体を発見する。被害者は、この家の住人・黒滝志郎。兄の黒滝明彦によると、アメリカから帰国したばかりだという。コナンたちが現場から逃げるのを目撃した電器店経営者・庄山拓郎は「知らない」の一点張り。警察の捜査が進む中で浮上したある人物を尾行することになるが、新たな事件が発生してしまう!
高木刑事に届いたのは、“ブチ”と名乗る男からの「恩返しに情報提供したい」という謎の連絡。コナンと小五郎と共に指定された公園へ向かうが、そこで待っていたのは岩淵克也の遺体だった。名前から被害者が“ブチ”だと思われたが、高木刑事は顔を見ても記憶が曖昧。さらに遺体からは、強盗計画の情報が記されたメモが発見される。不可解な状況の中、残されたメモを頼りに、強盗を未然に阻止すべく宝石店で張り込みを開始するが……。
歩美が偶然、指名手配犯・鬼頭謙を目撃し、少年探偵団を緊急招集! 鬼頭は五年前に強盗殺人事件を起こし、いまだ逃走中。300万円の懸賞金が掛けられていた。歩美が突き止めた自宅の表札には、いかにも偽名らしい『山田太郎』の文字が…。様子を探るコナンたちに、通りかかった田中光二が声をかける。元太がうっかり「指名手配犯を見つけた」と口走り、緊張が走る中、コナンたちと田中は鬼頭の追跡を開始するが……
コナンと小五郎は、ある事件の取り調べの様子を見ていた。被害者は映画監督の川島雄介。川島が一人で居た会議室に犯人が侵入し、胸を刺してオートバイで逃走した。目撃者の証言から、前日に行われたオーディションの参加者・渚ハルコが容疑者として浮上する。渚も犯行を認めたため、取り調べが始まったが「自供を撤回する」と言い出し……。取調室で、不敵に笑う渚。渚が犯人だと確信している佐藤刑事は、真実にたどり着けるのか?
少年探偵団は『仮面ヤイバー』に登場する猫にそっくりなトラカゲがボロボロの紙をくわえているのを発見。その紙は「シオリ」という少女からのSOSだった!一方、佐藤刑事と高木刑事は、その少女の誘拐犯を追跡していたが、神奈川県に入ったところで見失う。居合わせた神奈川県警の萩原千速は、犯人が赤レンガ倉庫に逃げ込む姿を目撃。米花で聞き込みするコナンと、横浜で誘拐犯を追跡する千速。二拠点での救出作戦がいま始まる!
横浜の赤レンガ倉庫で誘拐犯を追う神奈川県警の萩原千速。顔を知られた佐藤刑事と服を入れ替えた千速が、高木刑事とカップルを装ってパンケーキ店へ潜入する。一方、コナンたち少年探偵団は“表札にサイコロを載せる怪しい男”の存在を知る。細工されたサイコロの写真を見たコナンは、その真意に気付くが……。横浜と米花で迫るタイムリミット。誘拐された少女救出の鍵は、千速とコナン、2人の推理に託された――!
コナンが阿笠博士と海釣りを楽しむ頃、蘭と園子、灰原、歩美、佐藤刑事の『探偵女子5』は、ホテルのレストランで女子会をしていた。スイーツ食べ放題に胸を躍らせる5人だったが、突然、隣のテーブルで2人の女性が同時に倒れた。救助を試みたものの、1人は息を引き取り、1人は意識不明の重体で病院に搬送されてしまう。被害者の飲み物に盛られた毒と、容疑者たちの不可解な共通点……『探偵女子5』は真相に辿り着けるのか?
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