ヴァルガーヴとの死闘によって意識を失ったリナが目を覚ますと、そこは名も知らぬ島の砂浜だった。ガウリイたちの姿はなく、どうやらひとりはぐれてしまったらしい。リナはとりあえず島の探索をはじめるのだが、軍服を着込んだペンギンたちに追い立てられ、不思議な世界へ迷い込んでしまう。しゃべるディナーや不可思議に踊る人形たち。なんとかゼルガディスと再会するものの、この異常な世界からは抜け出すことが出来ない。悪意あふれる世界に頭に着たリナは、怒りのドラグスレイブを発射するのだが…。
ゼルガディスとフィリアと合流したリナは、残るガウリイとアメリアの二人を探すために海を渡ろうとする。しかし乗り込んだのはスクラップ同然のオンボロ船、いまにも沈みかねない。そんなとき伝説の幽霊船が出現、仕方なく三人はオンボロ船から移乗する。そんな彼女たちを待っていたのは、壺に封じ込められた幽霊船長だった。リナたちは、彼から船に巣喰い大切な壺コレクションを壊す悪霊の退治を依頼されることに。
ひとりはぐれてしまったアメリアは半魚人たちの住む島に漂着、ライラという、人間のケレルと種族を超えた愛を育んでいる半漁人の女性に助けられる。ライラとケレルは互いに深く愛し合っていたが、ライラの父はふたりの仲を認めようとしない。事情を知ったアメリアは、愛し合うふたりのために、ガーディアンが守る秘薬を手に入れようとする。その秘薬を飲めば、半漁人は人間になることができるのだ! 再会したガウリイを囮にして、アメリアはガーディアンをおびき出そうとする。
リナたちを探して旅を続けるアメリアとガウリイは、その道中で正義の味方ピースマンを名乗る5人組の老人たちと出会う。やる気は旺盛だが寄る年波には勝てず、老人たちは次々とリタイヤするハメに。彼らの正義の心に感動したアメリアは、気乗りしないガウリイを巻き込んでピースマンの跡を継ぐことに。アメリアたちを加えてメンバーが揃った新生ピースマンは、近頃近隣の村を脅かす悪魔の声の正体を探るために行動を開始するのだが……。
ようやくいつものメンバーが揃ったリナたちは、世界の危機を救うための旅を再開する。とりあえずの目的は、ダーク・スターの生み出した最後の武器を見つけることだ。同じ頃、あの災厄から生き延びていたジラスは、獣人の母子のもとで傷を癒しながら新たな人生を生きようとしていた。しかし彼らの村に無数の怪物が襲来、さらにはそれを追ってリナたちも姿を現す。彼女たちを見たジラスは「ヴァルガーヴ様とグラボス親分の仇討ち」こそ生き甲斐だと、仲良くなった子どもの声を背に受け闘いの荒野へ旅立つのだった。
最後の武器を求め、リナたちは水源が枯れ果て滅びを待つのみの鉱山街に立ち寄るのだが、ここに目を付けたのは彼女たちだけではなかった。アルメイスの仲間シーリウスも姿を現したのだ。そんな状況の中、街を救う聖者の伝説を信じる少女アンナは、シーリウスを聖者だと思いこむが、彼は救いどころか武器を探そうとして街に壊滅的な破壊をもたらす。仕舞いには鉱山をも跡形もなく吹き飛ばしてしまう…!
最後の武器を探してリナたちは、氷雪吹きすさぶ辺境の地に辿り着き、結界に覆われた竜族の神殿を発見する。結界は解除したフィリアたちが見たものは、さらなる結界と数限りないエンシェントドラゴンの亡骸だった。これこそヴァルガーヴの告げた竜族の罪…大虐殺の動かざる証拠であり、彼の憎悪の原点なのだ。最後の結界が解かれるとき、歴史に秘められた「平和の名の下に行われた大量殺戮」の真実が明らかにされる……。
リナたちがエンシェントドラゴンの神殿に辿り着くのを待っていたかのように、空を埋め尽くさんばかりの黄金竜の軍団が出現、事態は混迷の度を極める。異界の神族と手を組んだゼロスはフィリアを人質にし撤退を求めるが、最長老はいかなる犠牲を払っても現在の秩序と平和を乱すことはできないと言い放ち、彼らは凄絶な闘いに突入する。ゼロスの策略で封印が解除され最後の武器ガルヴェイラがその姿を現すが、そこへリナが乱入、ゼロスの顔を足蹴にして武器を手にした!
ガルヴェイラを手に入れたゼロスは、召還ゲートを完全に消滅させようとしていた。一時はアルメイスたちに協力する振りをしていたが、これこそが魔族の上層部から受けた指令だったのだ。いっぽう、大急ぎで召還ゲートを目指すリナたちは、ジラスの思わぬ強力な妨害にあって足止めされていた。強固な装甲を誇る戦車、そして巨大爆弾。こんどこそジラス勝利かと思いきや、フィリアの自己犠牲の精神に打たれた彼は召還ゲートまでの道を開けるのだった。しかしゼロスたちの闘いによってゲートの制御に狂いが生じ…!
ゲートは完全に開かれつつあり、もはやダーク・スターの召還を阻むことはできない。リナ、ゼロス、異界の神族たちは、事ここに至ってダーク・スターを討ちふたつの世界を救うため手を結ぶ。そしてついにダーク・スターがゲートから出現、リナたちは果敢に闘いを挑む。頼みの綱はダーク・スターが生み出した5つの武器。だがダーク・スターはリナたちの猛攻をもモノともせず、突然、飛び去ってしまう。目的地は…火竜王の神殿!? いったいなぜ?
死んだはずのヴァルガーヴが生きていた。彼はダーク・スターに消滅させられたのではなく、内部に吸収、いや同化されていたのだ。いまやヴァルガーヴはダーク・スターそのものと化していた。憎悪に震えるヴァルガーヴ=ダーク・スターは、火竜王の神殿を一撃で壊滅させてしまう。さらに世界の浄化を宣言し、一切を破滅させんとする。ヴァルガーヴにとっては、この世界そのものが憎悪の対象なのだ。だがフィリアは、ヴァルガーヴの瞳が悲しみの光に満ちていることに気づく。
世界の滅亡は目の前に迫っていた。タリスマンによる魔力制御を封じられたいま、最後の切り札だった重破斬(ギガ・スレイブ)は使用不能に。もはや打つ手はないと思われたそのとき、フィリアは神託の言葉が、神と魔の力を束ねる呪文であることに気がつく。だがこの呪文を使えば、ヴァルガーヴさえも確実に滅ぼしてしまうだろう。それはかつて竜族が行った虐殺と同じことなのではないか? 彼の哀しみと憎しみを知るフィリアは戸惑い、なかなか決心がつかない。しかし刻一刻と破滅の時が迫ってくる――!
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