“毎朝公園に仮面ヤイバーが現れる”という噂を聞いたコナンたち少年探偵団。最近この周辺ではバイクによる引ったくり事件が相次いでおり、光彦たちはその犯人を捕まえに来たのだと推理していた。しかし、公園にいた仮面ヤイバーの正体は、富士宮猛という男のコスプレだった。彼と話していた最中、新たな引ったくりが発生し、追跡を開始するコナンと富士宮。そして物語は、神奈川県で蠢く“あの事件”へと繋がろうとしていた――。
醍醐財閥の御曹司・醍醐優から“シンデレラ”探しを依頼された小五郎とコナン。情熱的で恋に一直線な優は、昨夜のパーティーで出会った美女に一目惚れするが、彼女は名も素性も告げぬまま、まるでシンデレラのように片方の靴だけを残して忽然と姿を消したという。一方、各地のパーティー会場では貴重品を狙った盗難事件が相次いで発生。コナンたちは頻発する盗難事件と“シンデレラ”の奇妙な重なりに気づくが……
少年探偵団をライバル視する老人(シルバー)探偵団の赤坂睦彦、大島吟太、江本安子と再会したコナン達。通りかかった巣鴨町子に「失踪した夫を探してほしい」と依頼され、それぞれ捜査を始める。暴走気味な老人探偵団を見張るため彼らに同行した灰原は、強引な捜査に困惑。無茶な推理で怪しいと決めつけた人物の自宅に乗り込み、制止する灰原の声も聞かず、庭の土を掘り返してしまう。しかし現れたのは、本物の白骨遺体で……
置き配泥棒が多発しているマンションで、泥棒確保の依頼を受けた小五郎、コナン、蘭。泥棒は住人だと推理して張り込んでいた。しかし、ほんの一瞬目を離した隙に、荷物を持ち去られてしまう。泥棒を見失ってしまったコナン達だったが、逃走時の特徴と住人の証言から、泥棒の住む部屋に辿り着く。一向に出てこない泥棒の様子を確認するため、小五郎は隣人の協力を得てベランダから部屋を覗き込むが、そこには倒れた男性の姿が……
高木刑事の依頼で事件現場を訪れたコナン、蘭、小五郎。今朝、住人の鎌田義明が遺体となって発見されたが、現場は内側から施錠された完全な密室だった。ところが、「自分一人でやった」と三人が自首してきたという。名乗り出た被害者の父・鎌田一、妻の鎌田幸子、弟の鎌田光正は、いずれも確執を動機に挙げるが、犯行方法については口を閉ざす。捜査が進む中、さらに一人が犯行を名乗り出て、事件は混迷を深めていく……。
コナンと小五郎はサイレンを聞きつけ、団十郎フーズ会長・団十郎の邸宅へ。バルコニーで会長がアーチェリーの矢により殺害された事件の捜査中だった。第一発見者は秘書の立花千夏。駆け付けた長男・団一社長と次男・団二副社長は犯行時刻、本社ビルに居たと主張するが、現場から本社ビルの屋上が見え、そこから射られた可能性が浮上。二人は無実を証明するため実施検証へ。しかし放たれた矢にコナンはある違和感を抱き……
米花町で多発する連続宝石強盗事件を知った歩美は、夢中になっているアニメ・プリキュアのストーリーと重ね合わせ、「盗賊団が現れればプリキュアに会える」と張り切る。次の標的と噂される金子宝石店で、コナンたち少年探偵団は警備をすることに。怪しい客を尾行し、犯行の決行日とアジトを突き止めたことで、警察が盗賊団を一網打尽にしたかに思えたが、歩美はある違和感に気付く……。探偵団はキュアット解決できるのか!?
山荘でお泊り会をすることになったコナン、蘭、園子。森に棲むという般若の怪談を聞いた蘭は怯えるが、語り手の園子は「ただの噂だ」と笑い、コナンと山菜採りに出かける。しかし、そんな二人が森の中で出くわしたのは、遺体を埋める般若だった。慌てて逃げた先で、同じく道に迷ったという遠野エマに会い、一緒に灯りのついた山小屋に助けを求める。山小屋に住んでいるという不気味な老人と話していると、突然、戸が叩かれ……。
喫茶ポアロで梓の出すマッチ棒クイズを解いていたコナン、蘭、園子、世良。接客が落ち着いた頃、安室は梓に買い物を頼む。商品があるお店を知るコナンが梓を案内することになるが、しばらくしても帰ってこない。コナンからの「怪しい人たちにつけられている」という連絡を受けポアロを出た安室たちは、道路の向かい側にコナンと梓を見つけるが、バスが通過する間に二人を見失う。二人の行方と二人をさらった怪しい人物とは?
何者かに誘拐されてしまったコナンと梓。梓は、監禁場所で切断された指や生首を発見し、誘拐犯は先週捕まった猟奇事件に関係している可能性が出てきた。一方、探偵バッジで連絡が取れたJKトリオと安室は、2人が喫茶ポアロを出る前に居た客に容疑者を絞る。しかし、探偵バッジが犯人たちに見つかってしまい……。タイムリミットまであとわずかの中、反撃の起爆剤を探るコナンと梓。安室たちは、犯人の正体にたどり着けるのか?
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