時は戦国時代。主人公は忍者のたまご、乱太郎。先祖代々、ヒラ忍者の家系に生まれた乱太郎は、エリート忍者をめざして忍者の学校＜忍術学園＞に入学。だけどクラス分けされたのは、残念ながら成績はいまいちの「一年は組」・・・！個性豊かな仲間たちといっしょに、毎日、勉強に励むのだが、なぜか追試や補習ばかり。そんなある日、忍たまの仲間が暗殺者に狙われる羽目に・・・。仲間を助けるには、プロの敵忍者たちと勝負しなければならない。その方法は、足の速い乱太郎にはもってこいの勝負だったのだが・・・！？
忍術学園の夏休みの宿題で、大トラブルが発生！ 事務員のミスで、忍たまたちの宿題が入れ替わってしまったのだ。一年は組の山村喜三太に与えられた宿題は、六年生用の宿題「オーマガトキ城城主・大間賀時曲時のふんどしを取ってくる」というもの。しかも、オーマガトキ城は、タソガレドキ城と戦の真っ最中で、そのまま喜三太は行方不明となってしまう。学園長の号令で、乱太郎たちは合戦中のオーマガトキ城に喜三太を救出に向かうのだが…。
