魔方陣を使って悪魔を呼び出そうとしている小学生・埋れ木真吾。学校のみんなは悪魔に詳しい彼のことを「悪魔くん」と呼んでいた。ある日、真吾は町の中で本当の悪魔・百目と出会う。百目は真吾を見えない学校へと案内すると、校長をつとめるファウスト博士と引きあわせる。ファウスト博士は真吾こそ、探し続けていた一万年に一人現れるという救世主「悪魔くん」であると認めた。真吾は博士の指導を受けながら見えない学校を卒業。卒業の証としてソロモンの笛とタロットカード、メフィスト２世からは友情のしるしとして風呂敷マントを受け取った。この世の生きとし生けるものが幸せに暮らせる世界を目指して、彼は人間を不幸にしようとする悪い悪魔と戦うことを決意する。固い心の絆で結ばれた正しい悪魔「十二使徒」たちと共に！
