殺し屋ブーンは、人生の分岐点に立っていた。長年、ギャングのボス・ジェドの依頼を受け、裏社会の仕事を淡々とこなしてきた彼だったが、突然の交通事故で兄弟とその家族を失う。残されたのは、病に伏す父と認知症を患う母。両親を養うために人を殺し続けるという矛盾に、ブーンの心は激しく揺れていた。兄弟家族の葬儀の日、ブーンはジェドから新たな命令を受ける。それは、ジェド自身の殺害現場を目撃し、“赤い石”を持って逃走した少年モトリーを始末せよ、というものだった。冷静に追跡を進め、モトリーを追い詰めていくブーン。しかし同行していたジェドの部下ハッチが、モトリーを保護していたFBI捜査官を殺害し、事態は一気に混迷を深める。錯綜する状況の中、ついにモトリーを確保したブーンは、避けられない決断の瞬間を迎えることになる。
ワシントン州の小さな田舎町モーガンを訪れた殺し屋ニック・ブーンは、標的との戦いで自身も傷つき意識を失っていたところを、未亡人の牧師キャサリンの息子イライジャに発見されて命拾いした。これを機にニックと親子は親しくなっていく。この町は実力者フィッツジェラルドに支配されていたが、ある時、酔った手下のプライスが親子に暴行を加えようとしていたところをニックが助ける。キャサリン親子は一味と浅からぬ因縁があり、ニックはキャサリンに町を出るように勧めるが、それはできないと彼女は拒む。一方、ニックを追いかけ続けるレッド捜査官が、ついに彼を見つけ出して連行しようとするが、ニックを殺そうとするプライスらに邪魔され…。
目が覚めると研究室と思しき部屋で、奇妙な装置に座る男の遺体の横で倒れていたクロノス。記憶を失い事態の把握に努めるクロノスは、ポケットに入っていたメモを頼りに、高齢者・障害者救済センターに向かう。そこにはクロノスを友人と呼ぶ白髪の老人タナトスがいた。しかし彼自身も医師から逆行性記憶喪失との診断を受け、記憶は完璧ではなかった。そんな中、タナトスをこの施設に連れ込んだのは他ならぬ、お前だと告げられたクロノス。身に覚えのない行動を指摘され動揺する彼は、手がかりを求めてかすかに残る記憶から酒を求め販売店へ。そこで知り合った男オグから密造酒を買い、クロノスの研究の手伝いとして、新鮮な遺体の運び屋をオグに依頼するのだが…。
