クリスマスを目前に控えた田舎町ノーマル。その夜、ミラー家の玄関に届けられた差出人不明のプレゼントの箱を次男のルディが開封。するとそこには、美しい街並みが広がるスノードームが入っていた。よく見ると、自然豊かなノーマルの町並みがミニチュアで再現されたものだった。何気なしにルディは台座のボタンを押したところ、それと同時に猛烈な地震が発生。町のメインストリートでは地割れが起き、死傷者も出てしまう。しかし異変はさらに続き、氷の隕石や巨大雪崩など、次々と町全体に天変地異が襲いかかるのだった。
アメリカ独立記念日の7月4日。突然、地底、そして空から未知の物体が大群で地球に現れ、人類に攻撃を仕掛けてきた。世界各地が猛火に包まれ人々が大パニックに陥る中、田舎町の消防士で大統領サム・ガーネットの弟でもあるピート・ガーセットは地球外生命体研究組織S.E.T.Iのセリアと遭遇し、ディクソン空軍基地へと赴く。大統領の息子アンドリューと友人ニック、物理の天才高校生イライザも同じく基地を目指し、ピートらと合流する。一方、大統領はエアフォース1が撃墜されたものの奇跡的に生き延び、オタクハッカーのトッドとレニに出会う。しかし、そのことを知らない副大統領は代わって指揮を執り、エイリアンに向けて猛攻を開始するのだが…。
水星探査に向かった宇宙船ノーチラス号が消息を絶った。物理学者のプレストン博士は、太陽活動の異常により水星が軌道を外れたことを察知する。このままでは地球と水星は衝突し、人類は滅亡してしまう。そんな最悪な事態を回避するため、プレストン博士は封印されていた“プロジェクト7”を再起動させる決意をする。それは、宇宙空間を漂う小惑星を標的に激突させ、その軌道を変えるという計画だった。しかしそのためには、宇宙船を小惑星に送り込む必要があり…。
