ポニーたちの楽園“エクエストリア”が突然テンペストシャドーに襲われ、プリンセスたちは動きを封じられてしまう。なんとか逃げ出したトワイライトは、ピンキーパイ、アップルジャック、レインボーダッシュ、ラリティ、フラッターシャイと一緒に、みんなを救うために旅に出る。道中たくさんの新しい友達との出会いと別れを経験しながら冒険を進めていく彼女たち。果たしてエクエストリアを助けることはできるのか！？
