謎の宇宙アメーバが地球へ墜落し、海へと落下。その生命体が伝説のメガロドンを蘇らせ、新たな恐怖の波を引き起こす。血に飢えた巨大ザメを止めるため、2人の特殊部隊員が最新鋭の軍事兵器を投入する―― 戦闘用に作られたメカ・シャークだ！
静かな湖に隣接する田舎町。一見ありふれた土地のように見えるが、そこはメサイア・ワードなる人物が率いるカルト教団が存在し、教団の反勢力による大量虐殺事件が行われた忌まわしい場所だった。2年後ー。湖では夜釣りを楽しむ者たちがいたが、静寂を切り裂く警笛とともに黒く不気味な悪魔の船が突如現れ、水面を血の色に染めていった…。事件の一報を受けた保安官のバーニー・レイルは捜査を開始。現場を訪れ検証を行っていると、そこに「死者への祈りを捧げたい」とトーマス神父が現れるのだが…。
