殺し屋ブーンは、人生の分岐点に立っていた。長年、ギャングのボス・ジェドの依頼を受け、裏社会の仕事を淡々とこなしてきた彼だったが、突然の交通事故で兄弟とその家族を失う。残されたのは、病に伏す父と認知症を患う母。両親を養うために人を殺し続けるという矛盾に、ブーンの心は激しく揺れていた。兄弟家族の葬儀の日、ブーンはジェドから新たな命令を受ける。それは、ジェド自身の殺害現場を目撃し、“赤い石”を持って逃走した少年モトリーを始末せよ、というものだった。冷静に追跡を進め、モトリーを追い詰めていくブーン。しかし同行していたジェドの部下ハッチが、モトリーを保護していたFBI捜査官を殺害し、事態は一気に混迷を深める。錯綜する状況の中、ついにモトリーを確保したブーンは、避けられない決断の瞬間を迎えることになる。
ワシントン州の小さな田舎町モーガンを訪れた殺し屋ニック・ブーンは、標的との戦いで自身も傷つき意識を失っていたところを、未亡人の牧師キャサリンの息子イライジャに発見されて命拾いした。これを機にニックと親子は親しくなっていく。この町は実力者フィッツジェラルドに支配されていたが、ある時、酔った手下のプライスが親子に暴行を加えようとしていたところをニックが助ける。キャサリン親子は一味と浅からぬ因縁があり、ニックはキャサリンに町を出るように勧めるが、それはできないと彼女は拒む。一方、ニックを追いかけ続けるレッド捜査官が、ついに彼を見つけ出して連行しようとするが、ニックを殺そうとするプライスらに邪魔され…。
