うららかな日曜日、アカネさんのたこやき屋で至福の時を過ごしていたら、謎の男が現れた。男は、あたしたちの目の前で七人の妖精に分裂、こわいっつーのッ!しかも妖精たちは「希望の園を助けてほしい」と言い出した。希望の園の象徴であるダイヤモンドを、ドツクゾーンが狙っているらしいの。そういうことなら、いざ希望の園へ出発!ダイヤモンドが輝くステキな宮殿へ。そこにはダイヤモンドよりもキレイな女王様がいたの。しかも憧れの藤P先輩にソックリな王子様が現れたり、舞踏会が開かれたり…気分はまさにお姫様。メップル・ミップル・ポルンまでセレブ気分を満喫していると、突然ドツクゾーンの魔女が現れた。こんなステキな園を狙うなんて絶対に許せないッ!みんなの力をひとつに合わせ、希望の園を守るのよ!
あの夏の日から3年。太一たち8人の“選ばれし子供たち”の活躍で平和を取り戻したデジタルワールドだったが、そこにデジモンカイザーと名乗る少年が突然現われて混乱を巻き起こしていた。カイザーはデジモンの進化を抑制するダークタワーを各地に立て、デジモンたちを操ることができるイービルリングで支配地域を広げる。一方、お台場に引っ越してきたタケルは太一に良く似た雰囲気の少年・本宮大輔と出会う。そしてかつての仲間であるヒカリと再会した。だがそこへデジタルワールドからのSOSが届き、3本の光がデジタルゲートを通って現実世界へとやって来る。その光は新しいデジヴァイスだった。それを手にした大輔、京、伊織は新たな“選ばれし子供たち”として選ばれたのだ。さらに新しい力を手に入れたタケルとヒカリを加えた5人は、デジタルワールドを征服しようとするカイザーから平和を取り戻すため戦うことを決意するのだった!