事件はある夜、突然起こった。善波七五十（ぜんばないと）率いる『輪蛇（りんだ）』のメンバーが謎の一団に次々と襲撃されたのだ。犯行は、いずれもメンバーが一人でいる所を狙った計画的なものだった。その一方『輪蛇』の新入りメンバー・春間の前に、中学時代の友人・天野が現れる。思い出話もそこそこに、春間に『輪蛇』の内情を尋ねる天野。実は天野は『輪蛇』に敵対するグループ『夜行蟲（やこうちゅう）』の一員であった。一連の事件は『夜行蟲』副総長・知地岩（ちじいわ）の仕業だったのだ。徐々にエスカレートしていく『夜行蟲』の襲撃。そして遂に、天野の魔の手が春間の友人・小梅にまで伸びる…！（「新・湘南爆走族 荒くれナイト」第１話より）
海皇ポセイドンとの戦いも終わり、世界はひと時の平穏を取り戻していた。だが、大地を狙う邪悪の影は、すぐそこにまで忍び寄っていた。聖域(サンクチュアリ)にある聖闘士たちの墓が荒らされ、白羊宮を守護する黄金聖闘士(ゴールドセイント)・牡羊座アリエスのムウの前に、謎の侵入者が現れたのだ。そのうえ、かつての戦いで死んだはずの黄金聖闘士が、黒き鎧をまとった敵となって姿を見せる。すべては死者の世界である冥界をつかさどる、冥王ハーデスの仕業だった！冥王に忠誠を誓った黄金聖闘士たちは、冥衣(サープリス)を身に着けて冥闘士(スペクター)となり、アテナを狙って十二宮を駆ける。星矢たちは彼らを食い止めるため、ポセイドンとの激戦の傷が癒えぬまま、小宇宙(コスモ)を燃やして立ち上がるが…。
父親の死により貧乏になった藤ノ宮千歳は、家宝の幸運を呼ぶピンクの金魚「ぎょぴちゃん」だけを連れて、都会ノ学園から田舎ノ中学校に転校する。そこには千歳の想像を絶する世界があった。ちょー元気少女わぴこや、葵、秀一たちクラスメイトのほか、牛やブタ、ニワトリまでもが同じ教室で勉強していたのだ！そのうえ、もうすぐ廃校になると知らされる。しかし父親は千歳に莫大な遺産をのこしていた。悪徳弁護士・田中山が着服しようとしていたのをくい止め、遺産を相続した千歳は、新田舎ノ中学校を建てて理事長兼生徒会長となり、都会ノ学園の生徒会長・菅平由梨香を見返そうとする。そしてお嬢様の生活を続けようとするのだが、わぴこたちのパワーに押されて新田舎ノ中の生活になじみ、ついついギャグ顔、ギャグ等身になってしまうのだった。
天使とお守りたちが平和に暮らしている世界『天聖界』。そこへ『天魔界』を支配するヘッド・スーパーデビルの命令により、悪魔たちが攻撃を仕掛けてきた。悪魔たちの攻撃で天聖界が荒廃していく中、天使たちの指導者であるヘッド・スーパーゼウスより新たな世界『次界』の話を聞いた天使ヘッド・聖フェニックスは、希望の新天地である『次界』を目指す旅に出ることを決意する。その聖フェニックスの下へ、共に次界へ向かおうとする若神子たちが一人、また一人と集結する。一方の天魔界では、次界への旅を邪魔するために、凶悪な悪魔たちを次々に刺客として送り込む。かくして、天使と悪魔の激しい戦いが再び始まることになった。かつての戦いが、表層界を天聖界と天魔界という二つの世界に分けたように…。
