ガリハバラは科学者の町。ここで暮らす住民は、ニュートンやエジソンやキュリー夫人やガリレオといった、有名な学者ばかりです。たま～にやって来る路面電車から、今年はどんな女の子が降りてくるのでしょう？科学を好きにならないと、もとの世界には戻れないみたいですよ。――きっと大丈夫ですよね。去年のマリカだって、はじめは科学の話を聞くだけで眠くなっていたのに、最後はその科学を使ってガリレオの命を助け、無事に帰っていったのですから。でも、新しく来たノリカという女の子は、マリカなんて比べものにならないくらい科学が大っきらい！ちょっとでも科学に触れると、イライラが爆発。ぬいぐるみのクマちゃんが、ご主人さまの代わりに巨大化して大暴れしてしまうのです。このままじゃ、ガリハバラが滅びてしまいます。ガリレオが慌ててマリカを呼び戻しますが、果たしてどうなってしまうことやら…。
ゴスロリファッションに身を包んだ、女子中学生のマリカ。ある日、うたた寝をしていた彼女は、目が覚めると不思議なチンチン電車に乗っていた。チンチン電車がたどり着いたのは、見たこともない街・ガリハバラ。街には誰もがどこかで名前を聞いたことのある科学者たちが住みつき、働きながら仕事をしていた。迷子になってしまったマリカは、ガリハバラに来た途端に動き出したぬいぐるみの「ペット」と共に、キュリー夫人のペンションで暮らすことになる。どうやらガリハバラには、科学の苦手な子供たちが集められているらしい。理科の授業になるとすぐに眠くなるタイプのマリカだが、ガリハバラで暮らし、科学者をはじめとする様々な人々と触れ合ううちに、次第に科学の面白さに気づいてゆく…。
金田一一（はじめ）は不動高校に通う高校生。いつもはひょうきんで少しぐうたらな少年だが、ひとたび事件が起こると大人顔負けの鋭い洞察力を発揮し、快刀乱麻を断つがごとく謎を解いてゆく。実は彼は名探偵・金田一耕助の孫なのだ。次から次へと起こる惨劇、迫り来る死の恐怖、そして暴かれる過去の悲劇…しっかり者の幼なじみ・七瀬美雪を良きパートナーに、彼は今日も不可解で恐ろしい事件に立ち向かってゆく。警視庁捜査一課の警部・剣持勇、本庁きってのエリート警視・明智健悟、天才的な犯罪者・地獄の傀儡師など、一と美雪の他にも個性的な人物が数多く登場する。どんな謎でも解き明かし、必ず真犯人を暴き出してみせる。じっちゃんの名にかけて！
経営に行き詰まっている聖正病院。“死神病院”と噂されているこの病院では、３年前、医療ミスで患者を死なせた医師が自殺していた。そして３年後の今、外科部長が何者かによって殺害されてしまった。食べ過ぎで担ぎ込まれていたはじめが、消化不良に苦しみながら事件の解決に乗り出すことになる。はじめの鋭い目は、病院を経営する聖正一族の不審な挙動を見逃さなかった。殺人現場に落ちていた赤いリボンのついた鈴を目にした途端、彼らの表情が凍りついたのだ。その晩、どこからともなく鈴の音が聞こえてくる。音を追ったはじめは、黒マントをはおった不気味な人影を目撃。直後に看護婦長までも殺されてしまう。医療ミスで死んだ患者にまつわる赤い鈴、鈴を鳴らして死神が現れるという病院の噂…はじめは思わぬところからヒントを得て、事件のトリックを暴き出す！
日向咲はソフトボール部で活躍する元気印の女の子。新学期になったばかりのある日、咲はお気に入りの場所である大空の樹の下で、見慣れない少女と出会う。彼女は美翔舞、咲と同じ中学二年生だった。咲も舞も互いに過去に会った記憶があるのだが、どうしても思い出すことができない。その時、空から二匹のヘンな生き物が降ってくる。花の精・フラッピと鳥の精・チョッピだ。フラッピとチョッピの出現によって、咲と舞は初めて出逢った時の記憶を取り戻す。幼い頃の夏祭りの夜、二人は流れ星となって空を飛んでいたフラッピとチョッピを追って、同時にこの大空の樹の下に辿り着いたのだった。運命はその時、すでに動き始めていたのかもしれない。突如として空が曇り、謎の戦士・カレハーンが出現する。フラッピとチョッピを追ってきたのだ。痛めつけられるフラッピとチョッピを見た咲と舞は、渡されたプリキュアダイヤを使い、伝説の戦士キュアブルームとキュアイーグレットに変身する。精霊の導きのまま、今、戦いの幕が上がる！
あの“金田一少年の事件簿”が帰ってくる！！――名探偵・金田一耕助の孫、金田一一（はじめ）。普段は冴えない高校生だが、事件が起きると幼馴染みの七瀬美雪、仲の良い剣持警部、ライバルの明智警視らと共に抜群の推理力で難事件を解決していく。
２ＸＸＸ年、地球が生み出したスポーツ「バスケットボール」が全宇宙的なスポーツとなり、その頂点に君臨する「宇宙リーグ」があった。
