1604(慶長9)年、9歳の吉岡又七郎と宮本武蔵(坂口拓)との決闘が行われようとしていた。武蔵に道場破りをされた名門吉岡道場は、既にこれまで2度の決闘で師範清十郎とその弟伝七郎を失っていた。面目を潰された一門はまだ幼い清十郎の嫡男・ 源次郎殿との決闘を仕込み、一門全員で武蔵を襲う計略を練ったのだった。一門100人に加え、金で雇った他流派300人が決闘場のまわりに身を潜めていたが、突如現れた武蔵が襲いかかる。突然の奇襲に凍りつく吉岡一門。そして武蔵 1人対吉岡一門400人の死闘が始まった!
昭和２０年。帝都・東京は連日の空襲で地獄と化し、満ち溢れた怨念によって、帝都に眠る怨霊たちの化身・加藤保憲が蘇えった。日本の霊的指導者とも言える高僧・観阿彌光凰は、瀕死の日本を奇跡の逆転勝利へと導くべく、驚くべき秘密計画を準備していた。 しかし、帝都の破壊を企む魔神・加藤がその前に立ちはだかる。軍隊を敵ともしない加藤に、霊能力を持つ青年・中村雄昴と、東京の守護神＝平将門の末裔・辰宮雪子の二人が、命を賭けて闘いを挑んでいく。
