1980年12月8日、アイウィットネス・ニュースの記者アラン・ワイスは、バイク事故に遭いニューヨークのルーズベルト病院の救急科に搬送される。治療を待つアランだったが、ある銃撃の被害者が処置室に運び込まれたことで病院内が慌ただしくなり、治療を後回しにされてしまう。医師や警官の会話などからその救急患者が”ジョン・レノン”であると察したアランは、特大スクープ獲得の予感に心を逸らせ、放送局の同僚ウィルに病院の状況を知らせる。同日23時15分、ジョン・レノンの死亡を確認。世界で最も有名なミュージャンの1人がこの世を去っていった。平和を訴え続けた人物の訃報は世界中を駆け巡り、人々は深い悲しみと痛みに心を震わせる。
ロスに住む親友のペントハウスを訪ねていたカップル、ジャロッドとエレインは、早朝、最上階の部屋のブラインドから差し込む青白い光と不気味な音で目を覚ました。そして、その光を見た友人の一人が、一瞬にして光の中に吸い込まれて姿を消すのを目撃。更に、窓の外に広がる光景に、彼らは呆然と立ちつくす。目前に迫る、これまで見たことのない巨大飛行物体。しかも、それは１機だけでなく、空を埋めるほどの数の飛行物体が、地上から人間を吸い上げていたのだ！しかし、それは絶望的な３日間の始まりにすぎなかった・・・。
アメリカで使用されるハリケーンの強さを表すレベルの中で最も強大な“カテゴリー5”のハリケーン。その超巨大ハリケーンがプエルトリコの首都サンフアンを襲おうとしていた。警官のコルディーロ（エミール・ハーシュ）は、避難もせずマンションに籠ろうとする元警察署長の頑固な老人レイ（メル・ギブソン）の説得を試みるも、やがてハリケーンが到来してしまう。そんな中、建物に武装した強盗団が潜入してきてしまい…超巨大ハリケーンに閉じ込められ脱出不可の極限状態の中、生き残りをかけた戦いが今始まる。
