鬼州組に単身で乗り込む決意をした静也。時を同じくして鳴戸や猪首ら残りの組員も静也と同じく命を賭す覚悟を固めており共に鬼州組へと乗り込むことに。翌日、乗り込もうとした静也たちの前に現れたのは組を抜けたはずの生倉と肘方、それに鬼州組の胡麻田であった。胡麻田は偶然出会った生倉と肘方と意気投合し、鬼州組を裏切り新鮮組の仲間になったのだった。こうして新鮮組は再び勢力を増し始まった全面戦争。新鮮組は猪首や鳴戸らを筆頭に鬼州組を倒していく。そして静也はいよいよ海腐と対峙する。激闘の末、静也は海腐に勝利。その後、静也は警察に出頭するが彩子が全て真実を話したことにより静也の指名手配は取り下げられていた。静也は今までの日常を取り戻すも、日本統一への思いは一段と増していた。
新鮮組と鬼州組の抗争が激化し、離脱する新鮮組組員も現れる。鳴戸と猪首は静也の無実を証明し、静也の発見を誓う。そして生倉と肘方に総長代理指揮を任せる。鳴戸と猪首は静也の家を尋ねて来た秋野に彩子から話を聞くことを依頼。その頃静也は会社の上司の家で匿ってもらっていた。その頃、秋野は彩子に真実を聞きに入院中の病院を訪れるも彩子は口を割ろうとはしない。その帰り、病院にヤクザがいることを見つけ、そのことを聞いた鳴戸と猪首は病院へと向かう。鬼州組の組員と揉み合うがこの襲撃も新鮮組が行ったということになり幹部を含む逮捕者を出してしまった。さらに抗争の激化により多くの死者も出てしまった。静也はこの現状と、静也のことを信じる組員たちのことを思い鬼州組に乗り込む覚悟を決めるのであった。
Jが静也の自宅へと乗り込み再度襲撃される。翌日も静也は警備体制が整っている生倉の自宅に隠れるも襲撃に遭う。そこで静也は一つ疑問をもつ。それは、Jは何度も静也を殺す機会があったにも関わらず、静也を殺さずにいたことである。和平交渉当日。調印を進めているとそこにはJの姿が。そして一発の発砲音。撃たれたのはJを雇ったはずの鬼州組・大村であった。これに海腐は激怒し抗争を仕掛ける。しかし全ては海腐が新鮮組を悪者に仕立て上げる海腐の計画であった。一連の事件は大きく報道され彩子に静也がヤクザということがバレてしまう。そんな中、刑事・川路の協力によりJが襲撃犯という証拠を掴んだ静也だったが彩子がJに襲われてしまう。静也は彩子を守り闘うも追い詰められる。その時、彩子が落ちた銃でJを射殺し危機を逃れる。動揺する彩子を守る為、静也は自ら容疑を被り、逃亡生活を送ることになったのだった。
昼は堅気としてデザイン会社で働く近藤静也。実は、夜になると新鮮組総長という二つの顔を持っている。ヤクザにもかかわらず争いが嫌いな静也は堅気として働き続けることを望む一方で、総長としても静也らしい斬新なアイデアで新鮮組を盛り上げていた。鬼州組との抗争が終了して数か月…。新たに鬼州組総長に就いた海腐に警戒する新鮮組。海腐は刑務所に入る前、武闘派として有名であり、新鮮組にいつ攻め込んできても不思議ではなかったのだ。そのため静也は、社会を味方につけ、鬼州組に手を出されないよう画策していた。その鬼州組では、静也たちの予想とは反対に、海腐が抗争ではなく手打ちにすると発表。海腐自ら静也の元へ出向き、和平交渉を提案するのであった。この海腐の行動に鬼州組組員・大村は納得していなかった。そして伝説の殺し屋・Jを雇い静也の暗殺を計画する。命が狙われているとも知らない静也は、偶然不良に絡まれているところを助けた女子高生・彩子にパフェをねだられ、仕方なく奢ることになる。そこで彩子から自分はヤクザの娘であり、ヤクザが大嫌いと告白され、静也は動揺する。その帰り道、静也はJに襲われるが猪首の助けもあり何とか逃げることに成功する。和平交渉まで残り3日。それまでに静也はJから逃れることができるのか。
龍子の決断で親子盃を交わさず、沢木が新組長になった鬼州組だったが、汚田の企みで龍子が殺され、しかも新鮮組がその濡れ衣を着せられる。新鮮組の仕業だと思い込んで激昂した沢木は、鬼州組を率いて東京に乗り込み、新鮮組に全面戦争を仕掛ける。鬼州組の襲撃を受けるが沈黙を貫く静也にしびれを切らし新鮮組組員たちは・・・。しかし、とある一件をきっかけについに静也がキレる！新鮮組の未来はどうなるのか！？平和を願う静也の想いは！？恋心を抱く秋野との結末は・・・！？
新鮮組との抗争で組長の坂本（寺島進）が死亡し、鬼州組内部では次期組長の座を巡って混乱が広がっていた。坂本と妻・龍子（筒井真理子）の寵愛を受けていた若頭の沢木（朝井大智）は幹部の座から追われ・・・。一方、静也は好意を寄せる秋野との関係を続ける為には、日本から抗争をなくし、ヤクザの世界から身を引かなくてはと考えていた。その為に静也が提案したのはとんでもない提案だった！！そのことで双方の組には動揺が広がり、龍子は一人思い悩む。そして迎えた運命の日―。
総長の座を引き受けた静也は、平和な社会を作る新しいヤクザになるべく、街の清掃やぼったくり店の摘発など、クリーンな活動を展開していく。一方その頃、新鮮組を倒して関東進出を目論む関西最大の暴力団・鬼州組の内部では、新鮮組との対決方法をめぐって総長と幹部との間で対立が深まっていた。暴走した一部の組員が次々と新鮮組が管理する風俗店やカジノに攻め込むようになる中、あくまで穏便な方法での解決を目指す静也と息巻く組員との対立も深まっていく。そんな中、静也の同僚・秋野明美（筧美和子）の身に・・・！！そしてついに、新鮮組と鬼州組の全面対決が始まる―。
関東最大規模の暴力団新鮮組のひとり息子近藤静也。けれど、彼は「ヤクザなんて嫌い、カタギとして平和に生きたい」と願い、デザイン会社で働き、イマドキの草食系男子として生きている。仕事ができないと怒られながらも、同僚の秋野さんに淡い恋心を抱き、普通に働く毎日。それが静也の幸せ。しかし、そんな静也の生活が一変する事件が起きるのだった・・・。普通に生きたいだけなのに、新鮮組の危機に直面した静也。いったいその危機とは!?そして新鮮組の行く末は・・・!?
「弱虫ペダル ＳＰＡＲＥ ＢＩＫＥ 巻島裕介」春、総北高校に入学した巻島裕介。これまでたった一人で走ってきた彼は総北の自転車競技部に入部することで、自らの自由な走りで周囲から認められ、広い世界に羽ばたくことが出来る、と胸を躍らせていた。しかし、彼の独特なダンシング走法は、部の先輩たちから嘲笑され、走り方を直すように言われてしまう。「自転車は自由だ」と信じていた巻島は…。「弱虫ペダル ＳＰＡＲＥ ＢＩＫＥ 東堂尽八」オシャレであることがモットーの中学二年生・東堂尽八は、箱根の街に生まれ育った、老舗温泉旅館の嫡男。ある日、ロードバイクに乗る友人・糸川修作から自転車レースに誘われるも、ヘルメットで髪が乱れる理由から拒否。しかし試しに２人で競うように箱根の山を走ってみると、東堂の心の中にひとつの衝動が生まれ―。「弱虫ペダル スペアバイク それいけアラキタくん」箱根学園１年生ヤンキー、荒北靖友は今日も授業をサボり、校舎裏へ。そこで出会ったのは…。
総北高校入学を機に自転車ロードレースと出会い、その世界に足を踏み入れたオタク少年・小野田坂道。今泉俊輔や鳴子章吉らチームメイトとしのぎを削り成長した彼は、総北自転車競技部の全国大会＜インターハイ＞メンバーに選ばれる。栄光を求める全国の強豪が一堂に揃う、過酷なレースがスタートを切った。己の誇りのために走る者。ライバルを超えるために走る者。“勝利”だけを欲しすべてを削って走る者。過去の復讐に燃える者。そしてチームのために想いを積んで走る者―。インターハイ総合優勝のゴールラインに最初にたどり着くのは、果たしてどの選手、どのチームか―。
アニメやフィギュアが大好きなオタク少年・小野田坂道は、入学した総北高校で、中学時代に自転車ロードレースで名を馳せた今泉俊輔と鳴子章吉と出会う。坂道は、小さな頃から自転車で毎週往復９０ｋｍの秋葉原通いで知らずのうちに鍛えられた自転車の才能、高回転＜ハイケイデンス＞なペダリングを彼らに見出され、自転車競技部の門を叩く。今泉や鳴子、そして金城、巻島、田所ら実力派の先輩たちとの練習でどんどん才能を伸ばしていった坂道は、意外性の力を見込まれ全国大会＜インターハイ＞のメンバーに”クライマー”として選出される。”全員がエース”という最強チーム、王者・箱根学園や、今泉が激しく敵対視する”怪物”御堂筋を擁する京都伏見高校など、全国の強豪校が揃う、３日間に及ぶ過酷な戦い。チーム全員の想いが詰まったユニフォームジャージを真っ先にゴールに届けるため、チーム総北は力の限りペダルを回し、疾走する！
