不遇を嘆き、寺や坊主を嫌っていた青年・了顕は、もうすぐ生まれてくる子供に希望を託していた。不幸な事故が、そんな了顕から全てを奪い去ってしまう。自暴自棄の日々、暗闇にもがき苦しんでいた了顕が出会うのは、蓮如上人の法話であった。そこには、親鸞聖人が明らかにした“なぜ生きる”の答えが示されていた。次第に引き込まれ、心の迷いが晴れた了顕は、蓮如上人の弟子となる。
202X年。強大な力を持つ東アジア共和国でクーデターが発生し、「帝国ゴドム」が誕生。近隣諸国を次々と侵略していく。アメリカや国連もゴドムの暴走を止めることはできない。唯一、国際的秘密結社「ヘルメス・ウィングス」だけが抵抗運動を続けていた。そのメンバーの一人で予知能力を持つ青年「獅子丸翔」は、ゴドム軍に命を狙われた際に助けてもらった仏教僧から、「救世主再臨」の予言を告げられるのだが…。