2039年のニューヨーク。酸素がほとんどなくなった地球上からは植物が消え、人間は酸素マスク無しでは生きられなくなっていた。母親のマヤと娘のゾラは夫のダリウスが地球の気候変動を予測して作ったシェルターで暮らしていた。ある日、ダリウスは事故で命を落とした父親の埋葬にため家を出たきり音信不通となってしまう。ダリウスの帰りを待つ二人のもとに、謎の男女が訪れてきた。彼らは夫の知り合いだという。夫ダリウスと共に、酸素発生機を研究していた仲間だと主張する女は、仲間を救う為に二人に力を貸して欲しいと懇願する。怪しげな男女をシェルターへと招き入れる親子。やがて、事態が大きく動き出し、今まで知らなかった驚きの事実が次々と発覚する。はたして、彼らは何者なのか―。
ニューヨークに住むオーウェンとクロエは婚約中。しかしスターを夢見るクロエは、オーウェンとの愛を約束したままハリウッドへ旅立ってしまう。瞬く間にスターの座に登りつめたクロエを訪ねにスタジオを訪れるオーウェン。しかし、クロエには新たな恋人ができたことを知る。それから3ヵ月後。未だ失恋から立ち直れないオーウェンは、友人からナディーンを紹介される。クロエに未練たらたらの彼を時には叱りつけ、時には優しく支えるナディーン。いつしか二人は、友達以上の関係として惹かれ合っていくが、そこへ再びクロエが現れる。
世界的なテロ撲滅組織「ファントム」のスーパー工作員ブルース（ミラ・ジョヴォヴィッチ）は、生物兵器「ＤＭ85」を盗み出したテロリストを追っていた。密売現場に飛び込んできたフォン（ダレン・ワン）の特殊な才能を買ったブルースは、ブダペストに潜伏中の黒幕“鉄拳”を捕らえる特務にスカウトする。早速ブダペストへと飛んだフォンは、発明家ディンと助手LV、そして身分を隠して現地入りした香港インターポール捜査官ミャオミャオの４人で極秘チームを発足。人類の存続をかけた作戦に挑むことになったルーキー工作員たちは、世界を巻き込むデンジャラスなミッションに身を投じていく──!!
ロンドンの米国大使館で働く外交官ケイト。彼女の任務はテロリストのアメリカへの不法入国を阻止すること。１２月２９日、ケイトは不審な入国者に気付くが、その直後爆破テロに巻き込まれ、容疑者としてアメリカ、イギリス警察、そして真犯人であるテロリスト“時計屋”から追われることに。逃亡を続けながらも、大晦日のニューヨークにテロの脅威が迫っていることを知ったケイト。彼女は１００万人の命を救うことが出来るのか？
