サンゴ礁に囲まれた、美しい海底王国。おそうじが得意なパロットフィッシュのアレックスは毎日海をパトロールするのが役目。ある日、パトロール中に魚たちが黒いものにつかまっているのを見つけ、助けてあげた。しかしこの黒いものは日々増えていくようだ。ミノカサゴのチャールズ国王にこの事態を報告するも、国王は気にしないでおけと言うばかり。美しい海底王国がどんどん黒いもので汚れていくのを見かねて、アレックスはパトロール隊を結成する。親が過保護で子ども扱いされるピンクタツノオトシゴのクリスティーン、自分の殻にとじこもってばかりのキミドリウツボのエラノア、この黒いものを伝説のダイオウイカが吐き出したイカスミではないかと疑う物知りなハリセンボンのエド、そしてアレックス。黒いものの正体を突き止めるために安全なサンゴ礁から出て旅に出た4匹だったが、その行くてには手ごわい敵たちが待ち構えていた！
好奇心旺盛で博識な少年クリスはいつも“今まで見たこともないもの”を探していた。ある日奇妙な骨董品屋に入り込んだ彼に店の主は、「君が必要としてるものだ」と木箱を贈る。帰宅した彼が箱を開けるとそこには大きな卵が。ネットで孵化の方法を見つけ卵を暖めてみるとなんと、恐竜の赤ちゃんが！クリスは恐竜にアルバートと名付け育てることを決意。大人には秘密の、二人の楽しい日々が始まった！でも、恐竜博物館で興奮したアルバートがクリスのバッグを抜け出しひと騒動となったことでアルバートは捕獲されDr.ヨーストの手に。実はDr.ヨーストはサイコ科学者で、アルバートの身に危険が迫る。焦るクリスの前に事情を知る不思議なおじいさんが現れ、二人はともにアルバート救出のために立ち上がる！
