【通常版】世界各国が水面下で熾烈な情報戦を繰り広げていた時代。西国(ウェスタリス)の情報局対東課＜WISE(ワイズ)＞の敏腕諜報員エージェントの＜黄昏(たそがれ)＞ことロイド・フォージャーがいつものように任務に当たっていたところ、進行中の作戦・オペレーション＜梟(ストリクス)＞の担当を変更する、という指令が。しかし新たな担当に選ばれたのは、無能な男だった――。その頃イーデン校では、優勝者に＜星(ステラ)＞が授与されると噂の調理実習が実施されることに。少しでもオペレーション＜梟(ストリクス)＞の進展を示し＜WISE(ワイズ)＞へ任務継続を交渉する為、ひいては世界平和を守る為、ロイドは審査員長を務める校長の好物である“フリジス地方”の伝統菓子≪メレメレ≫を作ることをアーニャに提案。本場の味を確かめるため、フォージャー家は家族旅行でフリジスへ向かうことに。その一方でヨルは、出発前にロイドと謎の女のやりとりの一部始終を目撃してしまい、仮初めの関係に一抹の不安を覚えながらの家族旅行となってしまう……。そんな家族旅行の途中、列車内でアーニャは怪しげなトランクケースを発見。その中にはなぜかチョコレートが……。不思議に思っていると、トランクケースの持ち主が戻って来てしまい、驚いた拍子にアーニャは誤ってそのチョコレートを飲み込んでしまう。ところが、そのチョコレートには世界平和を揺るがす重大な秘密が隠されていた――！？そしてたたみかけるように、旅先で起こるハプニングの数々！！世界の命運は、またしてもこの仮初めの家族に託されてしまった――。
episode1「サンダーバード登場」太平洋のどこかにある美しい島、トレーシー島。そこは国際救助組織と名乗る秘密組織の本部がある。島の豪邸に住むジェフ・トレーシーに招かれたロンドンの新人エージェント、ペネロープと執事のパーカーは、パーカーの運転するロールスロイスFAB-1で島中を見て周る。そこで目にしたのは未来のマシン「サンダーバード」1号から4号だった！／episode2「雪男の恐怖」ウラン工場が立て続けに襲われる事件が発生。同時期にエベレストでは「恐怖の雪男」の目撃情報が相次ぎ、目撃者が行方不明になっていた。ジェフから依頼を受けたペネロープはパーカーとともにスキーコプターでエベレスト山脈を探検するが、ガイドに化けていた宿敵フッドが仕組んだ罠に嵌ってしまう。パーカーはウラン鉱山で強制労働させていた行方不明者たちと洞穴に囚われてしまう。ペネロープからの要請でサンダーバード1号で飛び立つスコットたちは、彼らを救助できるのだろうか？／episode3「大豪邸、襲撃」ロンドン近郊で大豪邸ばかりを狙い、貴重な品々を盗み出しては邸宅を爆破する連続強盗事件が発生。ペネロープは自分が狙われていると感じ、わざと家を留守にしてペネロープの住むクレイトン＝ワード邸に侵入させる。ペネロープとパーカーはロンドン塔で犯人を追い詰めるが、爆発寸前の時限爆弾のある場所に閉じ込められていた！
人気若手アナウンサーの国江田計は極端に裏表の激しい性格。王子と称される完璧な外面とはうらはらに「愚民め」が心の口癖の強烈すぎるもうひとつの顔を持っている。そんなある日、取材で知り合った映像作家の都築潮と再会するが、幸い都築はくたびれたジャージにマスクの男があのアナウンサーの国江田計とは気づかない。とっさに「オワリ」と名乗った計は、行きがかり上怪我をした都築の仕事をしばらく手伝うことに。いやいやながらはじまった協力関係だったが、計は唯一自分を偽らずにいられる潮との空間を好ましく感じ始める。一方で潮は取材で顔を合わせるアナウンサー・国江田計の立ち振る舞いに惹かれ……物語は計・オワリ・潮の奇妙な三角関係へと発展していく。
女子大生の未果は高校生の時に偶然見かけたサーファーの江口に恋していた。知り合いではないので、当然未果の片思い。他の男には目もくれない未果は、２０歳になっても未だヴァージンだった。幼なじみの純一（童貞）にもやっと彼女ができそうな雰囲気。面白くない未果だったが、江口が管理するペンションで、純一の所属するサーフ部の夏合宿を行う事を聞きつける。サーフィンなんかやった事のない未果だったが、憧れの王子様にヴァージンを捧げる為、強引にサーフ部に入部する。純一や他の部員も巻き込んで、未果の脱・ヴァージン作戦が始まる！！
