さまざまな文明や宗教が混在する世界を舞台に、不思議な力を持つ巫女の血を引いた少女・鈴が、自然の精霊コルボッコロと出会い、自分のあるべき姿や進むべき道を模索していく様子を描く。
春、元美術部で運動音痴の主人公・東島旭（西野七瀬）は、新しい自分になることを夢見て、二ツ坂高校に入学する。しかし、そこで、１つ上の先輩でなぎなた部の宮路真春（白石麻衣）と出会い、その強さに憧れ、“なぎなた”をはじめる決意をする。入部したなぎなた部で、同級生の八十村将子（桜井玲香）、紺野さくら（ 松村沙友理）、２年生の野上えり（伊藤万理華）、大倉文乃（富田望生）、そして宮路真春らと共に部活動をスタートしたが、“練習は楽で運動神経がなくても大丈夫”、そんな誘い文句とは真逆でなぎなたの稽古は過酷そのもの！やがて３年生にとって最後となる夏のインターハイ予選を迎える。決勝まで順調に勝ち進んだ二ツ坂高校だったが、ダークホースの國陵高校に敗れてしまう。なかでも、１年生エース・一堂寧々（生田絵梨花）の強さは圧倒的だった。３年生が引退し、野上新部長で再スタートを切った新生二ツ坂なぎなた部は、山奥の尼寺で僧侶・寿慶（江口のりこ）の激しいしごきによる、地獄の夏合宿を経て、一回り大きく成長する。迎えた秋の大会。再び二ツ坂の前に宿敵・國陵高校と一堂寧々が立ちふさがる。
