“未曾有の大災厄”により世界中が混迷を極める現代。東京で新聞奨学生として暮らす青年・スズシロウは、誰にも言えない秘密を抱えていた。高校三年の夏に起こったある事件をきっかけとして、自分の意志とは無関係に周囲の時間を止められるようになってしまったのだ。そんなある日、スズシロウは初めてその秘密を分かち合える相手と出会う。自分と同じく、心に傷を負い、時間が止められるようになってしまった少女・なずな。彼女が異母兄の芹によって犯罪に利用されていることを知ったスズシロウは、衝動的に手を差し伸べる。「……君、ここから一緒に逃げよう!」止まってしまった時間を、２人は再び動かすことができるのか。
靴職人を目指す高校生タカオは、雨の朝は決まって学校をさぼり、日本庭園で靴のスケッチを描いていた。ある日タカオは、一人缶ビールを飲む謎めいた年上の女性ユキノと出会う。ふたりは雨の日だけの逢瀬を重ねて、次第に心を通わせていく。居場所を見失ってしまったというユキノに、彼女がもっと歩きたくなるような靴を作りたいと願うタカオ。六月の空のように物憂げに揺れ動く、互いの思いをよそに梅雨は明けようとしていた。
