日本が南北に分断された、もう一つの戦後世界。青森の少年・ヒロキとタクヤはユニオン占領下の北海道にそびえる謎の巨大な「塔」まで飛ぼうと小型飛行機“ヴェラシーラ”を組み立てていた。二人は憧れの少女サユリとある約束をするが、サユリは突然転校してしまう。三年後、ヒロキはサユリがあの夏からずっと原因不明の病で眠り続けたままだということを知る。サユリを永遠の眠りから救おうと、タクヤに協力を求めるが──。
