破壊の化身か、最後の救世主か―― 広域指名手配犯・宇宙海賊キャプテンハーロック。大戦中の英雄にして政府に叛旗を翻す、全宇宙の敵。政府より下ったハーロック暗殺命令を受けた青年ヤマは海賊船アルカディア号に乗組員を装い潜入するが、ハーロックに近づくにつれ、彼の目的とアルカディア号の正体、そして地球に隠された真実を知ることになる。滅び行く世界の中、残された可能性に賭けようと戦うハーロックと仲間たち。だが真実を闇に覆う政府は密かに開かれた未来を閉ざそうとしていた。終焉の時代、人類の未来を賭けた戦いが今、始まる。
西暦２９７７年、高度に成長した文明と繁栄に酔いしれた人類は怠惰な平和をむさぼっていた。そんなある日、宇宙のどこからか日本のある地域に巨大なペナントがうちこまれた。人々は、これを最近出没している宇宙海賊のしわざだと考えた。しかし、それは違っていた。大ペナントは未知の宇宙人が地球侵略の目標として打ち込んだ電波灯標であった。そしてこのことに気付いた人間が二人いた。一人は科学者・台羽博士そして、もう一人は宇宙海賊キャプテン・ハーロックであった。が、その途端、台羽博士が殺害されてしまう。殺したのは無論、ペナントを打ち込んだマゾーンの女王ラフレシア…地球の危機を確信したハーロックはマゾーン宇宙艦隊との戦闘を開始する。一方、台羽博士の息子・正はハーロックとともに戦うことを決意し、アルカディア号に乗り込む。
