西暦２×××年、地球の人間たちは体を機械化させ、寿命を千年近くまで延ばすに至っていた。だが母と二人暮らしの星野鉄郎はひどく貧しく、機械の身体を手に入れることなど夢のまた夢と思っていた。ある時、鉄郎の母が生身の人間を狩るのを趣味とする機械伯爵に撃ち殺されてしまう。母が遺した最期の言葉は、誰もが分け隔てなく機械の体をもらえる星へ行き、機械となって自分の分まで長生きして欲しいというものだった。その星へ行くための手段はただ一つ、メガロポリスから発車する銀河超特急９９９号の乗客になること。鉄郎は一人きりでメガロポリスステーションを目指すが、道の途中で力尽きて倒れてしまう。雪原に倒れていた彼を助けたのは、謎の美女・メーテルだった。彼女は鉄郎に銀河鉄道の無期限定期を与え、一緒に旅をすることを約束させる。宇宙の彼方にある夢と希望の星を目指して、鉄郎の星を巡る旅が今はじまったのだ！
鉄道輸送の中核を担う人形モジュール――レイルロオド 新交通システムにより壊滅寸前となった鉄路を観光振興やグッズ開発等で徐々に復権させてきたレイルロオドたちは更なる復興促進を目指し、第2回レイルロオドサミットへと集う『沿線の魅力を音で伝える』サミットで伝えられたテーマは、昨今のASMRブームの広がりに寄り添ったもの「ここ御一夜で、実地で学べばよいのです」司会進行の言に従い、レイルロオドたちはそれぞれの「録りたい音」を収めるべく、初めてのフィールドレコーディングへと駆け出していく
星野鉄郎少年は謎の美女・メーテルと共に銀河超特急９９９号に乗り、遥かなるアンドロメダを目指して旅を続けている。ある時、宇宙空間を浮遊する不定形生命体が９９９号の進路に立ちふさがる。９９９号は方向転換もかなわずに衝突、その柔らかな体内へ徐々に沈みこんでゆく。このままでは完全に取り込まれてしまうのも時間の問題だ。鉄道管理局と警備局は強力な衝撃波による不定形生命体の除去を決めるが、鉄郎は驚くべきことに気付く。巨大な生命体は、たくさんの子を思いやる慈愛に満ちた母親でもあったのだ。幼くして母をなくした経験を持つ鉄郎は、不定形生命体の子供たちと自らの境遇を重ね合わせ、「お母さんを殺すな！」と管理局と警備局に向かって叫ぶ。だが、今さら決定が覆るわけもない。己の無力に打ちひしがれた鉄郎が泣き崩れた時、もう一つの宇宙船が激突！機械の体を持つアルテミスという美女が、ハッチから瀕死の状態で這い出してくる。彼女は２年前に自由を求めて母と決別し、姿を消した不定形生命体の娘だった…
海賊惑星ジュエルの近くを通過しようとする星野鉄郎、メーテルの乗る９９９号は、海賊船『クィ−ンエメラルダス号』から突然の襲撃を受ける。しかしメーテルは、銀河にその名を轟かす女海賊・エメラルダスと剣を交え、友情で結ばれた仲であった……。エメラルダスに勝利したが命をとらずに逃がしたため、メーテルは牢獄に幽閉されてしまう。そんなメーテルを救うため、エメラルダスは単身牢獄に奇襲をかけるが……！？
少年・星野鉄郎は母と二人、機会の身体を目指して銀河超特急９９９号の停車駅、メガロポリスに向かう。その途中、二人は機械伯爵による人間狩りに遭い、母は殺されてしまう。しかし、そのとき助けてくれた謎の美女メーテルから、鉄郎は９９９号のパスをもらい受けて、メーテルとともに地球を旅立つのだった…！幾つもの星を越えた９９９号だったが、何者かの列車妨害を受けて化石の星に停車した。その星で鉄郎は美しい少女の化石を見つけて近づくが、突然現れた『化石の戦士』に襲われパスを奪われてしまう！化石の戦士ユリウスは、化石となってしまった少女リージャの夫であった。彼はリージャと９９９号でハネムーンに向かう直前、戦士としての誇りを優先させて、母星に迫る化石化ガス雲の調査に向かったのだった…。
西暦２×××年、地球の人間たちは、体を機械化させて、その寿命を数百年に延ばしていた。しかし、母と二人暮らしの星野鉄郎は、貧しさのため、未だ生身の体のままだった。誰もが機械の体をもらえる星があり、銀河超特急９９９号にのればそこに行けるという。だが、母と二人でメガロポリスステーションを目指す途中で、鉄郎の母は、生身の人間を狩るのを趣味とする機械伯爵に撃たれてしまう。鉄郎は、たった一人雪原に倒れていたところを謎の美女メーテルに助けられる。彼女はまた、鉄郎に銀河鉄道の無期限定期を与え、一緒に旅をすることを約束させる。無限の宇宙の彼方の夢と希望の星を目指して、鉄郎の果てしない旅が今はじまる。
西暦２×××年、地球の人間たちは、体を機械化させその寿命を数百年に延ばしていた。しかし、母と二人暮らしの星野鉄郎は、貧しさのため、未だ生身の体のままだった。誰もが機械の体をもらえる星があり、銀河超特急９９９号にのればそこに行けるという。だが、母と二人でメガロポリスステーションを目指す途中で、鉄郎の母は、生身の人間を狩るのを趣味とする機械伯爵に撃たれてしまう。鉄郎は、たった一人雪原に倒れていたところを謎の美女メーテルに助けられる。彼女はまた、鉄郎に銀河鉄道の無期限定期を与え、一緒に旅をすることを約束させる。無限の宇宙の彼方の夢と希望の星を目指して、鉄郎の果てしない旅が今はじまる。
正和63年10月。 大廃線により鉄路の殆どが失われてしまった国――日ノ本。 九洲は隈元県御一夜市。疲弊しきった経済の立て直しを 蒸気機関車8620とそのレイルロオド・ハチロクとを主役に 据えた観光振興により見事成功させ鉄道復興の聖地となった 同市はさらなる復興への機運や全国の鉄道事業者・まいてつたちの 交流を盛り上げるべく、『第一回まいてつ祭』の開催を企画する。鉄道車両の運転制御用人型モジュール「レイルロオド」達も それぞれのマスター達につれられ全国から集う。 人間達の連日の会議に刺激され、「自分たちも何かをしたい」と 意気投合した彼女たちは、有名レイルロオド「すずしろ」を 中心として「レイルロオドサミット」を主催。 駅前の「cafe亜麻色」に集合し、「まいてつ祭」へ 更なる彩りを加えるべく知恵を絞っていく。
新幹線超進化研究所は「漆黒の新幹線」が生み出す巨大怪物体から日本の未来を守るため、「新幹線変形ロボ シンカリオン」を開発した。シンカリオンとの高い適合率を持つ子供たちが運転士となり、研究所員たちはたちと力を合わせて強大な敵に立ち向かう！果たして「漆黒の新幹線」の目的は・・・。子供たちは日本の未来を守れるのか・・・。チェンジ！シンカリオン！
物語の始まりは、宇宙の中心と言われる星。銀河鉄道のすべての始発駅ディスティニー。有紀学（ユウキ・マナブ）は亡き父や兄の遺志を継ぎ、銀河鉄道の安全を守る空間鉄道警備隊（SDF）に入隊する。SDFは宇宙で最も正確と言われる銀河鉄道の運行スケジュールを守るため、各路線で起こる事故、災害、救命救急、宇宙海賊の討伐などに対処している。SDFと銀河鉄道全線を統括する謎の美女レイラ・ディスティニー・シュラは、人や生物、惑星の運命が見える能力を持っている。旅立つ者の未来にどんな苦難が待ち受けていると分かっていても、決してその未来を伝えてはならない“運命の守護者”である。しかし、自分の運命に立ち向かう旅人を、邪悪な力で変えようとする者が現れた時、彼女の秘められた力が発動する。果たして学の運命は、レイラにはどう映っているのだろうか…。銀河鉄道網を脅かす最大の危機が迫るなか、学は自らの運命をどう切り開いてゆくのか…。
