なんでもＯＫ事務所に所属する伊賀忍者ピュンピュン丸と、その弟でとんでもない泣き声を上げるチビ丸。がめつい所長の叱咤を受けて、彼らは日夜珍事件を追う。同じ事務所の甲賀忍者さゆりちゃんはピュンピュン丸の憧れの人だが、ふられっぱなし。そうかと思えば、ピュンピュン丸にベタ惚れのケメ子が、行く先々で彼を追い回す。そして出没する怪盗スルメイカ衛門、日光からきたニコニコ忍者、七色頭巾ら訳の分からない連中がドタバタに拍車をかける。
かつて、この国で忍者たちによる大きな戦いがあった。生き残った甲賀、伊賀、風魔、雑賀の4つのクランは、それぞれが巨大な力を持つと言われる「クリプト絵巻」を持つことで、互いの均衡を保っていた。時は流れ、現代。舞台は甲賀忍者の住む街、甲賀シティ。鬼道衆のたくらみを阻止した咲耶、ネム、シャオランの三人は、シノビマートでバイトして過ごす、平和な日常を送っていた。しかし、そこに突如謎の来客が…。そして明かされる衝撃の真実…新たな脅威に咲耶たちが立ち向かう！
甲賀のクリプト絵巻を無事に守り抜いた、咲耶、ネム、シャオラン。と思った矢先、何者かにクリプト絵巻を奪われてしまう。甲賀、風魔、伊賀、雑賀、それぞれの思いが交差する中、クリプト絵巻をめぐる戦いは、新たな局面へ！クリプトを狙う未知の存在とは！？
忍者は今も日本に存在している。その数、およそ20万。『ＮＩＮ（National Intelligence of NINJA）』と呼ばれる忍者組織は国家によるシビリアンコントロールを受けず、その精鋭達は極秘裏に暗殺や破壊活動に従事していた。そして、『ＮＩＮ』と敵対するもうひとつの忍者組織、『ＵＮ（アンダーニンジャ）』。忍者と忍者――暗闘の果てに待ち受ける結末とは？そして、戦いの最前線に投入された雲隠九郎たち下忍の運命は？
かつて、この国で忍者たちによる大きな戦いがあった。生き残った甲賀、伊賀、風魔、雑賀の4つのクランは、それぞれが巨大な力を持つと言われる〈クリプト絵巻〉を持つことで、互いの均衡を保っていた。時は流れ、現代。舞台は普通の街〈甲賀シティ〉人々は忍者の存在を忘れていた。甲賀忍者の〈咲耶〉は、忍者なのにとにかく目立ちたい！友達の〈ネム〉、〈シャオラン〉と共に、〈忍ばない毎日〉を過ごしていた。ある日、風魔のクリプト絵巻が何者かに奪われ、4つのクランによる戦乱が再び勃発。咲耶、ネム、シャオランも戦いに巻き込まれてしまう。現代をゆるく生きてきた3人は、戦乱の世を生き抜くことができるのかーー。
エッチャンこと猿飛エツコが、三つ葉小学校に転校してきた。見かけは普通の女の子なのに、人並みはずれた運動能力の持ち主で、そのうえ動物たちとも話しができるという変った子。本人の話では、猿飛佐助３３代目の子孫らしい。飼い犬プクも、イヌのクセに人間の言葉をしゃべる、自称天才犬というおまけつきだ。エッちゃんは転校初日から学校の人気者になるものの、いかんせん住む家がない。勝手にミコちゃんの部屋で一夜を明かしていたところを追い出されてしまうが、またたく間に火事を消した縁で、居候させてもらえることになった。小さなスーパーガール・エッちゃんの、パワフルで爽快な大活躍が始まる！
織田信長が天下統一を進める戦乱の時代。南蛮との貿易で繁栄し、自由と活気に溢れた栄の町は会合衆とよばれる実力者たちによって治められていた。その莫大な富と南蛮からの武器を手に入れんと企む甲賀幻妖斎は、金目教という妖しげな宗教によって人々の心を急速につかんでいた。やがて金目教の勢力は栄の町を取り囲むようにして広まってゆく。恐れを抱いた会合衆は飛騨忍者・影一族の頭領に依頼し、幻妖斎の野望を阻止することを決める。頭領は一族の中から優れた能力の持ち主である赤影・青影・白影を選び出し、栄の町に差し向ける。それを知った幻妖斎は、赤影たちを抹殺せんと数々の特殊能力を持つ忍者たちを刺客に放つ。次々と襲いかかる幻妖斎の魔の手に、赤影たちは正義を貫くため、飛騨忍法を駆使して立ち向かう！
愛する者よ、死に候え……「二人手をたずさえて、両家を縛る宿怨の鎖を断ち切ろう」四百年の永きにわたる甲賀と伊賀の宿怨を断ち切り、共に生きることを誓い合う甲賀の弦之介と伊賀の朧。しかし、愛し合う二人は、殺し合う運命にあった……慶長十九年。齢七十三歳の家康は悩んでいた。暗愚の兄・竹千代か、聡明な弟・国千代か？混乱を極める徳川三代将軍の世継ぎ問題に決着をつけるため、甲賀を国千代派、伊賀を竹千代として忍法の二大宗家を相争わせ、それぞれの精鋭十人対十人の忍法殺戮合戦の結果、どちらか生き残ったほうにそれを賭けるという厳命を下した。 先代服部半蔵との間に交わされた「不戦の約定」が解かれ、手綱を解かれた猟犬のごとく、怨敵に挑んでゆく忍者達！己の肉体こそが最大の武器！人知を超えた秘術をもった、個性溢るる忍びの面々。老若男女二十人二十色、超人奇人が相乱れ、秘術の限りを尽くして繰り広げられる忍法争いがいま始まる！！凄惨な戦いの果てに、一人、また一人と失われていく仲間達……勝つのは甲賀か、伊賀か？ 果たして、生き残るのは一体誰なのか！？そして弦之介と朧、引き裂かれた二人の愛の行方は……？
