「ねえ、大きくなったら何になりたい？」教員志望でありながらも、自信をなくして進路に戸惑う大学生・長瀬ソラ―名古屋 望んだ仕事についたものの、職場になじめず葛藤する帰国子女の会社員・吉月ミレ―東京 夢に向けて進学費用を貯めるも、ダメな彼氏に振り回されるフリーター・川谷レイカ―尾道 年齢も性格も住んでいる場所も…なにもかもが違う三人。しかもそれぞれ思い描く未来が見えず、人生に絶賛迷い中！そんな彼女たちを引き合わせたのは“おジャ魔女どれみ”！？かつて魔女見習いたちが集っていたＭＡＨＯ堂―鎌倉にある洋館で運命的な出会いをきっかけに、三人は飛騨高山・京都・奈良と「おジャ魔女どれみ」ゆかりの地を巡る旅へ！笑って泣いて支え合って、かけがえのない時間を過ごした三人は改めて気づく、いつもどれみたちがそばにいてくれたことに。そして魔女見習いたちに背中を押され、踏み出した先に、素敵な世界が広がっていた―
エッチャンこと猿飛エツコが、三つ葉小学校に転校してきた。見かけは普通の女の子なのに、人並みはずれた運動能力の持ち主で、そのうえ動物たちとも話しができるという変った子。本人の話では、猿飛佐助３３代目の子孫らしい。飼い犬プクも、イヌのクセに人間の言葉をしゃべる、自称天才犬というおまけつきだ。エッちゃんは転校初日から学校の人気者になるものの、いかんせん住む家がない。勝手にミコちゃんの部屋で一夜を明かしていたところを追い出されてしまうが、またたく間に火事を消した縁で、居候させてもらえることになった。小さなスーパーガール・エッちゃんの、パワフルで爽快な大活躍が始まる！
ハナちゃんを救うため魔法の水晶玉を失ってしまい、普通の女の子に戻ったどれみたち。自らを犠牲にして子供を守る無償の愛に免じて魔女に戻しては？と提案する女王様だが、元老院の魔女６人に反対されてしまう。水晶玉を持たないどれみたちが魔女になるためには6人の魔女が出す試験にすべて合格しなくてはならない。新しい仲間として‘ももこ’が加わって再び魔女見習いになったどれみたち。さて、難関を乗り越えて立派な魔女になることができるのか……？？
魔女見習いの資格を取り上げられ、普通の女の子に戻っていたどれみたち。そのせいでマジョリカは元の姿に戻ることができなくなり、魔女界に戻ることにした。元の姿に戻れない悲しさ、でも誰も恨めないという優しさ、そしてどれみたちとの別れを惜しむ寂しさ…。そんな複雑な気持ちのマジョリカは、どれみたちに書置きだけを残して、見送られる事なく帰ってしまう。それで納得いかなかったのがどれみ・はづき・あいこ・おんぷの四人だった。彼女たちはもうひと目マジョリカに会うため、マジョリカの忘れ物を届けるという事にして魔女界へと向かう事を決意。そこで女王様の庭園に迷い込み、「ウィッチー・クイーン・ローズ」から100年振りに生まれたという魔女の赤ん坊を発見してしまう。これが新たなる騒動の始まりだった!! 魔女界の掟では、誕生の瞬間に立ち会った者は、それから一年間は母親として世話をしなければならない…。再び魔女見習いに戻されたどれみたちは、再会したマジョリカやララと共に、「ハナ」と名づけたその赤ちゃんを育てる事になる。初めての育児に直面したどれみたちは、自分たちもそうやって育てられたという事を知り、様々な苦難や困難を乗り越えながら、やがて自らも成長していくのだった。
「こんなに早起きするなんて、まーた好きな男ができたな？」 超なまいきな妹ぽっぷのツッコミにぐうの音も出ないまま学校へと向かう春風どれみ。魔法に憧れる自称「世界一不幸な美少女」！ 「結局好きな先輩に告白できなかった…魔法が使えれば…」落ち込んだどれみが知らず知らずの内に足を向けたのは、「マキハタヤマリカの魔法堂」という変わったお店。そこでどれみは、女主人マジョリカの正体を「もしかして…魔女？」と見破ってしまう。 すると、マジョリカは奇魔女ガエルの姿になってしまった！マジョリカは、どれみに責任を取ってお前も魔女になれ、とせまる。魔女ガエルになった魔法使いは、正体を見破った者の魔法でしか元の姿に戻れないのだ。 ひょんなことから魔女見習いになった３人の少女、どれみ、はづき、あいこ。学校と「ＭＡＨＯ堂」を舞台に、３人が一人前の魔女になるための修行の毎日が続く…！
