はるか未来。更なる進歩を遂げた人類の科学力は、様々な生物の遺伝子を融合させ、新生命体「マトリクサー」を作り出した。人類への奉仕を目的に、特殊能力を与えられた「マトリクサー」。だがある時、人類と「マトリクサー」との間に、戦争が勃発。人類は、自らが作り出した力の前に成す術もなく、その結果、地上から姿を消した・・・。それから、300年。「マトリクサー」が支配する、荒廃した世界で、一人の人間の少女が、コールド・スリープから目覚めた。彼女は、父親が残した「センターに向かえ」というメッセージに従い、旅に出る事を決意する。人類再生のカギを握ると言われる伝説の地センター。西にある、その地を目指し、少女ヤクモの苦難の旅が始まった・・・。
