甲賀のクリプト絵巻を無事に守り抜いた、咲耶、ネム、シャオラン。と思った矢先、何者かにクリプト絵巻を奪われてしまう。甲賀、風魔、伊賀、雑賀、それぞれの思いが交差する中、クリプト絵巻をめぐる戦いは、新たな局面へ！クリプトを狙う未知の存在とは！？
かつて、この国で忍者たちによる大きな戦いがあった。生き残った甲賀、伊賀、風魔、雑賀の4つのクランは、それぞれが巨大な力を持つと言われる〈クリプト絵巻〉を持つことで、互いの均衡を保っていた。時は流れ、現代。舞台は普通の街〈甲賀シティ〉人々は忍者の存在を忘れていた。甲賀忍者の〈咲耶〉は、忍者なのにとにかく目立ちたい！友達の〈ネム〉、〈シャオラン〉と共に、〈忍ばない毎日〉を過ごしていた。ある日、風魔のクリプト絵巻が何者かに奪われ、4つのクランによる戦乱が再び勃発。咲耶、ネム、シャオランも戦いに巻き込まれてしまう。現代をゆるく生きてきた3人は、戦乱の世を生き抜くことができるのかーー。
