主人公・翔子は流星学園中等部に通う中学生。仲良しだった姉・響子は、5年前に海外留学してから一切の連絡を絶っていた。そんなある日、得体のしれない何者かが突然翔子を襲う。襲ってきたのは、かつて女神アテナが封じ込めた邪神エリスの手下・邪精霊（ドリアード）たちだった。そこで翔子はアテナや聖闘士、聖闘少女（セインティア）の存在を知り、同時に自身と姉の残酷な宿命を知ることになる。魂を封じられた邪神エリスの復活を目前に控え活発化する邪精霊たち。星矢たちが銀河戦争や十二宮での死闘を繰り広げている裏側で、沙織や聖闘少女は、黄金聖闘士の力を借り、邪精霊とも壮絶な戦いを繰り広げる！そして、悪のサガ復活の兆しも…。全てのカギを握るのは、聖闘少女になるべく鍛錬を始めたばかりの翔子ー！過酷な宿命に打ちのめされながらも、運命に抗い闘う少女たち。少女たちと神々との凄絶な戦いの物語が幕を上げる！
遥か神話の時代、闘いの女神アテナを護る戦士たちがいた。彼らこそ、この世に邪悪がはびこる時、必ずや現れるという希望の戦士・聖闘士〈セイント〉。長きに渡る「聖戦」より時は経ち、現代。自らの持つ不思議な力に思い悩む少女・城戸沙織は、突如刺客にに襲われ、青銅聖闘士＜ブロンズセイント＞の少年・星矢に救われる。そこで自らの運命と使命を知った沙織は、星矢と仲間の青銅聖闘士と共に聖域〈サンクチュアリ〉へと向かう決意をするのだった。だがそこには教皇の罠と、聖闘士の中でも最強を誇る伝説の黄金聖闘士〈ゴールドセイント〉たちとの死闘が待ち受けていた―!
小宇宙は、神を超えるのか！！――冥王ハーデスとの死闘により力を失い、抜け殻となった星矢。アテナの姉にしてオリンポス十二神・月の女神アルテミスは、神に抗った星矢を葬り去ろうと、３人の天闘士を送り込む。彼らの前に沙織が立ちはだかり、アテナとしての地位を捨て、アルテミスに地上世界を受け渡すことを条件に星矢の命を救うのだった。そうして地上世界を支配したアルテミスは、汚れた人類を滅ぼそうと決意する。一方、女神の力を失った沙織は自らの血を流して人類を守ろうとする・・・。その時、決して動くはずのない星矢の指が動いた！
アテナによる封印を解き、復活を遂げた冥王・ハーデス。部下である冥闘士とアテナの聖闘士たちとの聖戦は、サンクチュアリから冥界へ、そして新たなる舞台へ移ろうとしていた。ハーデスを追い、地獄の最終地・嘆きの壁の先へ消えたアテナ。１２人の黄金聖闘士たちは自らの命を賭して、アテナの向かったエリシオンへの突破口を開く。エリシオンは神だけが踏み込むことを許される無限の野。静寂の地で星矢たちを待ち受けるのは、死の神タナトスと眠りの神ヒュプノスだ。圧倒的な力の前に屈するかに思えたその時、星矢たちの聖衣に奇跡が起きる！
冥界、それは冥王ハーデスが支配する死の世界。光なき嘆きの世界へ降り立った、星矢たち青銅聖闘士たちの戦いは激しさを増し、過酷な運命にすら翻弄されようとしていた。そこでは固い兄弟の絆でさえも永遠ではないのだ。瞬に憑依したハーデスは、一輝の小宇宙に懐かしさを感じてジュデッカへと赴く。弟を取り戻すため、ハーデスに戦いを挑む一輝。熱き不死鳥の小宇宙は冥王の心をも動かすが、驚愕の事実が明らかになる。“グレイテスト・エクリップス”が始まり、月が太陽を遮って地球を闇で覆いつくし始めたというのだ。世界の滅亡を阻止すべく、女神アテナもハーデスの前に現れるが…。
誰よりも熱い小宇宙を燃やす青銅聖闘士（ブロンズセイント）の星矢たちは、十二宮での教皇サガ、北欧アスガルドを巻き込んだ海皇ポセイドンとの激闘を経て、２４３年前の聖戦で倒すことの出来なかった真の敵と対峙することになる。冥王ハーデスと１０８の魔星が復活したのだ。そして、死よりよみがえった黄金聖闘士たちが、かつて教皇だったシオンに率いられて十二宮を襲う。結果、アルデバランやシャカやアテナまでもが命を落としてしまった…。だが、事件の裏には意外な真相が隠されていた。死よりよみがえった黄金聖闘士たちは、冥王との戦いに不可欠なアテナの聖衣（クロス）の存在を知らせるために、己を偽ってハーデスの手先になっていたのだ。シオンに渡された女神の聖衣を届けるべく、星矢は冥界へと旅立つ！
海皇ポセイドンとの戦いも終わり、世界はひと時の平穏を取り戻していた。だが、大地を狙う邪悪の影は、すぐそこにまで忍び寄っていた。聖域(サンクチュアリ)にある聖闘士たちの墓が荒らされ、白羊宮を守護する黄金聖闘士(ゴールドセイント)・牡羊座アリエスのムウの前に、謎の侵入者が現れたのだ。そのうえ、かつての戦いで死んだはずの黄金聖闘士が、黒き鎧をまとった敵となって姿を見せる。すべては死者の世界である冥界をつかさどる、冥王ハーデスの仕業だった！冥王に忠誠を誓った黄金聖闘士たちは、冥衣(サープリス)を身に着けて冥闘士(スペクター)となり、アテナを狙って十二宮を駆ける。星矢たちは彼らを食い止めるため、ポセイドンとの激戦の傷が癒えぬまま、小宇宙(コスモ)を燃やして立ち上がるが…。
この世に邪悪がはびこるとき、必ずや現れるという希望の闘士・聖闘士（セイント）。彼らは神話の時代から大地を守ってきた女神アテナに仕え、武器を嫌うアテナのために、拳をもって多くの邪悪と戦い続けてきた。アテナは彼らに、天空に輝く８８の星座をかたどった聖衣（クロス）と呼ばれる防具を与えた…。時は過ぎ、聖闘士が現代によみがえった。聖闘士になるため、ギリシアの聖域（サンクチュアリ）で修行していたペガサスの聖闘士・星矢は、聖衣を手に入れて日本に帰国する。彼を待っていたのは、グラード財団が企画した銀河戦争（ギャラクシアンウォーズ）と呼ばれる聖闘士同士の戦いだった。戦いに疑問を抱きながらも、姉を捜し出すため、星矢は共に育った仲間である紫龍や氷河や瞬と戦うことになる。そこへ一輝率いる暗黒聖闘士が乱入してきた。大地を狙う邪悪との戦いが始まったのだ！
