太陽圏開発を推し進めていた人類は、地球征服を企てるギシン皇帝ズールの妨害にあっていた。地球防衛を任務とするコスモクラッシャー隊の明神タケルは、ギシン星侵攻が引き金となり、自分が１７年前ギシン星から送り込まれた存在であることを知る。ガイヤーら六体のロボットを合体させて無敵のロボット・ゴッドマーズでギシン星の刺客に挑むタケル。だがそれは実の兄マーグとの悲しい戦いの始まりであった。
地球を守るために戦うマーズ ギシン星のズール皇帝が地球に宣戦布告。同時に、クラッシャー隊のタケルに「地球を破壊せよ」と命じる。彼は、赤ん坊のときに地球に送り込まれたズール皇帝の息子マーズだった。だが、タケルは自分を育ててくれた地球の人々を守るため、ズールと戦う決心をする。
