大人気の「科学漫画サバイバル」シリーズがテレビアニメ化！どんな困難に立たされても「絶対にあきらめない！」と奮闘する、“サバイバルの達人”ジオたちと、“サバイバルの天才”ダイヤたちが、仲間とともに“勇気”と“科学”でピンチに立ち向かう！
深海調査のため潜水艇アンモナイト号に乗り込んだジオ、ピピ、コン博士。水深数千メートルの深海を目指す途中、メタンガスの泡に巻き込まれアンモナイト号が故障。海上のケイとも連絡が取れないばかりか、巨大なダイオウイカとマッコウクジラに襲われ、ジオがはぐれてしまう。ピピとコン博士はジオ救出に向かうが、アンモナイト号のエネルギーは残りわずか…一方、はぐれたジオは、真っ暗な海底で深海生物に取り囲まれていた！はたして極限状態の深海から無事に戻ることができるのか！？「僕は絶対、サバイバルしてみせる！！」
ナノサイズになる人体探査機・ヒポクラテス号に乗り込んだジオとノウ博士。ところが、小さくなった”ヒポ号”をピピがうっかりのみ込んだ...！？巨大な歯につぶされそうになりながら猛スピードでピピの体の中に流れ込んだ２人。胃から腸へと向かって脱出するつもりがトラブル続きで脱出不可能、絶体絶命の大ピンチ！！そして、突然苦しみ出すピピの身に一体何が...！？ピピとの約束をはたすため、ジオは決死の行動に出る。「必ずピピを救って、サバイバルしてみせる！」
