少年ツワブキ・ダイヤは父と小型船で海に出て、洋上に燃え上がる黒い炎を目撃した。その中から巨大な怪獣が出現し、父や船員たちは海中へと消えてしまう。ダイヤに迫る危機…その時、巨大な機械の竜が出現し、危機一髪のところで守ってくれた！それから五年、再び地上に巨大な怪獣が現れた時、中学生になったダイヤは巨大な機械竜その名も「大空魔竜」と再会する。大空魔竜の頭が飛び出し、ガイコツを胴体としてスーパーロボット・ガイキングが姿を現した！ダイヤはガイキングのパイロットとなり、巨大な怪獣を撃破するために戦場へと降り立つ。さあ、侵略者・ダリウス大帝の野望を打ち破るのだ！
