小宇宙は、神を超えるのか！！――冥王ハーデスとの死闘により力を失い、抜け殻となった星矢。アテナの姉にしてオリンポス十二神・月の女神アルテミスは、神に抗った星矢を葬り去ろうと、３人の天闘士を送り込む。彼らの前に沙織が立ちはだかり、アテナとしての地位を捨て、アルテミスに地上世界を受け渡すことを条件に星矢の命を救うのだった。そうして地上世界を支配したアルテミスは、汚れた人類を滅ぼそうと決意する。一方、女神の力を失った沙織は自らの血を流して人類を守ろうとする・・・。その時、決して動くはずのない星矢の指が動いた！
雪深い奥羽山中の民宿で、熊狩りの名犬リキの子達が生まれた。民宿の子・大輔は、その中に熊犬として珍重される“虎毛”の子を見つける。その子は輝く毛色にちなんで“銀”と名付けられた。銀は狂熊赤カブトを撃たんとする竹田五兵衛によって、生後間もなく母親から引き離され、熊犬に育てるための想像を絶する過酷な訓練を受ける。そして銀は、赤カブト打倒の大義に燃える犬たちに手繰り寄せられるかのように、日本全国の“男”達を求めて旅に出る。狂った大熊赤カブトの打倒なるか！？生命の誕生と死…幼くして巨大な敵に向かう運命を追った熊犬・銀の旅の行き着く果ては…！？
海皇ポセイドンとの戦いも終わり、世界はひと時の平穏を取り戻していた。だが、大地を狙う邪悪の影は、すぐそこにまで忍び寄っていた。聖域(サンクチュアリ)にある聖闘士たちの墓が荒らされ、白羊宮を守護する黄金聖闘士(ゴールドセイント)・牡羊座アリエスのムウの前に、謎の侵入者が現れたのだ。そのうえ、かつての戦いで死んだはずの黄金聖闘士が、黒き鎧をまとった敵となって姿を見せる。すべては死者の世界である冥界をつかさどる、冥王ハーデスの仕業だった！冥王に忠誠を誓った黄金聖闘士たちは、冥衣(サープリス)を身に着けて冥闘士(スペクター)となり、アテナを狙って十二宮を駆ける。星矢たちは彼らを食い止めるため、ポセイドンとの激戦の傷が癒えぬまま、小宇宙(コスモ)を燃やして立ち上がるが…。
この世に邪悪がはびこるとき、必ずや現れるという希望の闘士・聖闘士（セイント）。彼らは神話の時代から大地を守ってきた女神アテナに仕え、武器を嫌うアテナのために、拳をもって多くの邪悪と戦い続けてきた。アテナは彼らに、天空に輝く８８の星座をかたどった聖衣（クロス）と呼ばれる防具を与えた…。時は過ぎ、聖闘士が現代によみがえった。聖闘士になるため、ギリシアの聖域（サンクチュアリ）で修行していたペガサスの聖闘士・星矢は、聖衣を手に入れて日本に帰国する。彼を待っていたのは、グラード財団が企画した銀河戦争（ギャラクシアンウォーズ）と呼ばれる聖闘士同士の戦いだった。戦いに疑問を抱きながらも、姉を捜し出すため、星矢は共に育った仲間である紫龍や氷河や瞬と戦うことになる。そこへ一輝率いる暗黒聖闘士が乱入してきた。大地を狙う邪悪との戦いが始まったのだ！
