物語は１００年ほど前のイギリスから始まる。アップルフィールド孤児院で暮らしていた少女・ナージャのもとに、見知らぬ相手から荷物が届く。包みを解くと出てきたのはトランクで、中には見たこともないほど綺麗なドレスと日記帳が入っていた。ナージャは驚く。今まで死んだと思っていた母親が生きていたのだ！ 大喜びのナージャだが、彼女の前に現れたのは母親ではなく、ブローチを狙う怪しい二人組だった。二人組のために孤児院が火事になり、手がかりとなるトランクを炎の中から持ち出したナージャは、危ういところを救ってくれた貴族の息子フランシスと運命的な出会いを果たす。自分がいれば、孤児院のみんなを巻き込んでしまう…責任を感じたナージャは、得意のダンスと歌を生かして旅芸人のダンデライオン一座に入り、様々な国を回りながら母を捜すことを決意する。いま、運命の扉がひらく！
ついに魔女にしてもらうことを女王様と約束したどれみたちは、魔女界からの報せを毎日首を長くして待っていた。しかし何の連絡もないまま、とうとう新学期を迎えてしまう。始業式の朝、どれみたちが学校に行くと、金色の髪をした可愛い女の子が待っていた。女の子はどれみのことをよく知っているようだが、どれみはその子に見覚えがない。首をかしげていると、女の子はとんでもないことを言った。何と、自分はハナちゃんだというのだ。ハナちゃんはどれみたちと一緒に学校に通うため、自分に魔法をかけて６年生になってしまった。しかも、そのために魔力を使いすぎて、大切な水晶玉を割ってしまったらしい。美空小学校での最後の一年は、人間界の常識なんて少しも気にしないハナちゃんを加え、大騒ぎのうちに幕を開ける！
デッドムーンとの壮絶な戦いに勝利した月野うさぎたちセーラー戦士は、受験にも打ち勝ち、全員そろって高校１年生の新たな春を迎えた。新たな夢と希望に胸を膨らませて、新生活を満喫するうさぎたち。しかしある日のこと、封印されていたネヘレニアの耳に復讐をささやきかける声が聞こえてきた。新たなパワーを得てよみがえり、セーラー戦士を苦しめるネヘレニア。新たな地球の危機に、セーラーウラヌスたち外部太陽系セーラー戦士が再びセーラームーンのもとに集う。かくしてセーラー10戦士と復讐鬼と化したネヘレニアのラストバトルが開始された。銀河の彼方から、その戦いを見つめる冷ややかな目があることに気づかぬまま…｡
ハナちゃんを救うため魔法の水晶玉を失ってしまい、普通の女の子に戻ったどれみたち。自らを犠牲にして子供を守る無償の愛に免じて魔女に戻しては？と提案する女王様だが、元老院の魔女６人に反対されてしまう。水晶玉を持たないどれみたちが魔女になるためには6人の魔女が出す試験にすべて合格しなくてはならない。新しい仲間として‘ももこ’が加わって再び魔女見習いになったどれみたち。さて、難関を乗り越えて立派な魔女になることができるのか……？？
ダーク・キングダムとの壮絶な戦いから二ヶ月が過ぎて、セーラー戦士たちは、ふつうの中学２年生の女の子として平和に生活していた。セーラームーンとしての記憶を失った月野うさぎも、大阪なるや海野たちとの楽しい学園生活を送っていた。しかし、ある日宇宙から飛来した隕石が、うさぎたちの運命を一変させることに…。ふたたび始まる過酷な戦いの日々。新たな敵の出現！そして、謎の少女、ちびうさや新たなセーラー戦士も現われる！魔界樹のエイルとアン、そしてブラックムーンと、今度の敵はダーク・キングダムよりも強い敵ばかり。しかし、ふたたび覚醒したセーラー戦士もさらにパワーアップして地球の平和を守るために戦う。そして、うさぎと地場衛の恋の行方も気になるところ。２人の恋をジャマする星十と夏美の銀河兄妹、さらに空から降ってきたうさぎそっくりな少女、ちびうさの正体は！？さまざまな謎を秘めて、ますますパワーアップしたセーラームーンの新たな闘いが今始まる！！
魔女見習いの資格を取り上げられ、普通の女の子に戻っていたどれみたち。そのせいでマジョリカは元の姿に戻ることができなくなり、魔女界に戻ることにした。元の姿に戻れない悲しさ、でも誰も恨めないという優しさ、そしてどれみたちとの別れを惜しむ寂しさ…。そんな複雑な気持ちのマジョリカは、どれみたちに書置きだけを残して、見送られる事なく帰ってしまう。それで納得いかなかったのがどれみ・はづき・あいこ・おんぷの四人だった。彼女たちはもうひと目マジョリカに会うため、マジョリカの忘れ物を届けるという事にして魔女界へと向かう事を決意。そこで女王様の庭園に迷い込み、「ウィッチー・クイーン・ローズ」から100年振りに生まれたという魔女の赤ん坊を発見してしまう。これが新たなる騒動の始まりだった!! 魔女界の掟では、誕生の瞬間に立ち会った者は、それから一年間は母親として世話をしなければならない…。再び魔女見習いに戻されたどれみたちは、再会したマジョリカやララと共に、「ハナ」と名づけたその赤ちゃんを育てる事になる。初めての育児に直面したどれみたちは、自分たちもそうやって育てられたという事を知り、様々な苦難や困難を乗り越えながら、やがて自らも成長していくのだった。
「こんなに早起きするなんて、まーた好きな男ができたな？」 超なまいきな妹ぽっぷのツッコミにぐうの音も出ないまま学校へと向かう春風どれみ。魔法に憧れる自称「世界一不幸な美少女」！ 「結局好きな先輩に告白できなかった…魔法が使えれば…」落ち込んだどれみが知らず知らずの内に足を向けたのは、「マキハタヤマリカの魔法堂」という変わったお店。そこでどれみは、女主人マジョリカの正体を「もしかして…魔女？」と見破ってしまう。 すると、マジョリカは奇魔女ガエルの姿になってしまった！マジョリカは、どれみに責任を取ってお前も魔女になれ、とせまる。魔女ガエルになった魔法使いは、正体を見破った者の魔法でしか元の姿に戻れないのだ。 ひょんなことから魔女見習いになった３人の少女、どれみ、はづき、あいこ。学校と「ＭＡＨＯ堂」を舞台に、３人が一人前の魔女になるための修行の毎日が続く…！
超お金持ちのご令息・ご令嬢が通う名門校・桜蘭学院高校に、奨学特待生として入学した庶民の藤岡ハルヒ。母を亡くし男手ひとつで育てられたハルヒは、おしゃれに興味がなく、何事にも無頓着で男の子のような格好で学校に通っていた。ある日、ハルヒは、ホスト部の部室に迷い込み、部室内の８００万円の花瓶を割ってしまう。部員からその代金を請求されるが、庶民のハルヒは払えるわけがない・・。ところが、ホスト部部長・環は「１００人の氏名客を集められたら８００万円はチャラにしてやる」と宣言。こうしてハルヒは、７人目のホスト部員として、女性とたちを接待することになる。
