まだ空間さえなかったころ。一筋の光が差し込んだ後、「真白域」と「真黒域」というふたつの世界が生まれる。真白域には超聖神ディアナ、真黒域には超聖神クロノズーが現れ、それぞれの世界を治めた。だが、ふたりの超聖神はとても仲が悪く、お互いを滅ぼそうと戦いを始めてしまう。戦いの真ん中に生まれた「まとば」と呼ばれる不思議な世界に、あるとき７つの流れ星が降り注いだ。その流れ星を偶然に目撃したお守りの聖光ゲンキと聖太子ジェロは、記憶をなくした十字架天使という天使とカメに出会った。そのカメから現れた未来の天使ヘッドであるスーパーゼウスから、７人の若神子を探し出して真白域にいるディアナに会いに行くよう言われたのだった。やがて最初の若神子のヤマト王子と出会った一行は、残りの若神子を捜して、まとば世界を旅することに。しかし、まとばにも、クロノズーの命を受けて天使やお守りを悪魔に変えようとする、魔妃ネロクイーンの魔の手が忍び寄っていたのだ！
少年ツワブキ・ダイヤは父と小型船で海に出て、洋上に燃え上がる黒い炎を目撃した。その中から巨大な怪獣が出現し、父や船員たちは海中へと消えてしまう。ダイヤに迫る危機…その時、巨大な機械の竜が出現し、危機一髪のところで守ってくれた！それから五年、再び地上に巨大な怪獣が現れた時、中学生になったダイヤは巨大な機械竜その名も「大空魔竜」と再会する。大空魔竜の頭が飛び出し、ガイコツを胴体としてスーパーロボット・ガイキングが姿を現した！ダイヤはガイキングのパイロットとなり、巨大な怪獣を撃破するために戦場へと降り立つ。さあ、侵略者・ダリウス大帝の野望を打ち破るのだ！
美墨なぎさはベローネ学院の女子中等部に通う、元気いっぱいな女の子。勉強が苦手で無鉄砲なところもあるけれど、明るくて正義感の強い彼女は、いつも友達に囲まれている人気者だ。ある日のこと、なぎさはメップルという不思議な生き物に出会う。空から落ちてきたメップルは、別世界である故郷・光の園から地球に逃れて来たらしい。邪悪な勢力・ドックゾーンに襲われた光の園は、今や滅亡の危機に瀕しているというのだ。変身する能力を与えられたなぎさは、伝説の戦士・プリキュアとなってドックゾーンと戦い、光の園を救うことになる。その頃、同じベローネ学院に通うもう一人の少女も、ミップルという不思議な生き物からプリキュアの力を与えられていた。彼女の名前は雪城ほのか。なぎさとは性格も考え方も正反対で、友達どころか、ろくに口も聞いたことのないクラスメイトだった…。
物語は１００年ほど前のイギリスから始まる。アップルフィールド孤児院で暮らしていた少女・ナージャのもとに、見知らぬ相手から荷物が届く。包みを解くと出てきたのはトランクで、中には見たこともないほど綺麗なドレスと日記帳が入っていた。ナージャは驚く。今まで死んだと思っていた母親が生きていたのだ！ 大喜びのナージャだが、彼女の前に現れたのは母親ではなく、ブローチを狙う怪しい二人組だった。二人組のために孤児院が火事になり、手がかりとなるトランクを炎の中から持ち出したナージャは、危ういところを救ってくれた貴族の息子フランシスと運命的な出会いを果たす。自分がいれば、孤児院のみんなを巻き込んでしまう…責任を感じたナージャは、得意のダンスと歌を生かして旅芸人のダンデライオン一座に入り、様々な国を回りながら母を捜すことを決意する。いま、運命の扉がひらく！
わたし、夢原のぞみ。プリキュア５のリーダーとしてプリキュアとして、がんばってま～す！わたしの仲間は大親友のりんちゃんとアイドルのうらら、ステキな先輩のこまちさんとかれんさん。タイプの違う５人だけど、いつも心はひとつ。そんなわたしたちが、お姫様になりた～いってことで西洋風のテーマパークに出かけたの。豪華なお城で、フリフリのかわいいドレスを着てお姫様気分を満喫していたら、鏡の国から来たミギリンとヒダリンに、ココとナッツがさらわれちゃった！実はこの二人、シャドウっていう悪者に操られていたの。シャドウは鏡の国の大切な宝物・クリスタルを利用してドリームコレットを奪い、世界を支配しようと企んでいるみたい。早くココとナッツを助けなくちゃ！でも、わたしたちの前には、わたしたちソックリなプリキュアが現れて…これって一体どういうこと？プリキュア、大・大・大ピ～ンチ！
あの夏の日から３年。太一たち８人の“選ばれし子供たち”の活躍で平和を取り戻したデジタルワールドだったが、そこにデジモンカイザーと名乗る少年が突然現われて混乱を巻き起こしていた。カイザーはデジモンの進化を抑制するダークタワーを各地に立て、デジモンたちを操ることができるイービルリングで支配地域を広げる。一方、お台場に引っ越してきたタケルは太一に良く似た雰囲気の少年・本宮大輔と出会う。そしてかつての仲間であるヒカリと再会した。だがそこへデジタルワールドからのＳＯＳが届き、３本の光がデジタルゲートを通って現実世界へとやって来る。その光は新しいデジヴァイスだった。それを手にした大輔、京、伊織は新たな“選ばれし子供たち”として選ばれたのだ。さらに新しい力を手に入れたタケルとヒカリを加えた５人は、デジタルワールドを征服しようとするカイザーから平和を取り戻すため戦うことを決意するのだった！
