物語は１００年ほど前のイギリスから始まる。アップルフィールド孤児院で暮らしていた少女・ナージャのもとに、見知らぬ相手から荷物が届く。包みを解くと出てきたのはトランクで、中には見たこともないほど綺麗なドレスと日記帳が入っていた。ナージャは驚く。今まで死んだと思っていた母親が生きていたのだ！ 大喜びのナージャだが、彼女の前に現れたのは母親ではなく、ブローチを狙う怪しい二人組だった。二人組のために孤児院が火事になり、手がかりとなるトランクを炎の中から持ち出したナージャは、危ういところを救ってくれた貴族の息子フランシスと運命的な出会いを果たす。自分がいれば、孤児院のみんなを巻き込んでしまう…責任を感じたナージャは、得意のダンスと歌を生かして旅芸人のダンデライオン一座に入り、様々な国を回りながら母を捜すことを決意する。いま、運命の扉がひらく！
皆既日食によって太陽が姿を隠し、日本中が暗闇に包まれた。ひとときの平穏な日々を送るセーラー戦士たちも、この世紀の天体ショーを心ゆくまで楽しんでいる…。世界に日の光が戻った時、十番街の中心に奇妙な巨大テントが姿を現していた。その正体が何なのか、セーラー戦士たちには知るよしもない。その頃、修行中のちびうさは、夢の中で不思議なペガサスと出会っていた。幼い心を騒がせるちびうさ。ペガサスの出現は、セーラー戦士たちを再び過酷な戦いへと導く運命の前触れなのだろうか？美しい夢を持つ人々を襲い、世界征服を目論む謎のデッドムーンとの関係は？かつてない力を持った最強の敵との戦い。そして徐々に明らかになってゆくシリーズ最大の謎。さらなる進化を遂げたセーラー戦士たちの活躍が始まる！
決して逃げない、ぜったい諦めない。自分達の未来だから・・・――故郷であるタラークとメジェールに刈り取りの危機が迫っていることを知ったニル・ヴァーナの乗員達。彼らは危機を救うため、故郷への旅を急ぐ。途中、回収した脱出ポッドの中には奔放な少女「ミスティ」がコールドスリープしていた。彼女の乗っていたポッドに隠されていたメッセージにより、明らかになる驚くべき地球の現状と刈り取りの事実。そしてニル・ヴァーナの心臓部である青いペークシスとは全く別の、「負の感情」にリンクしている赤いペークシスが地球にあることを知る。戦闘を重ねるごとに攻撃力を上げていく敵の前に、本当の戦いはこれからだったことに気づくヒビキたち。ますます熾烈を極める敵の猛攻に、ヴァンドレッドはいよいよ最終形態へ！？はたして彼らは故郷を救えるのだろうか・・・・・・そして地球人の本当の目的は・・・？
貴方は覚えていますか？思春期のときめきを・・・――タラークの戦艦イカヅチを襲ったマグノ率いるメジェールの海賊船は、暴走したペークシスによってイカヅチの旧艦区と合体・融合させられ、戦艦ニルヴァーナになってしまった。地球の侵攻を知ったヒビキやディータ達は、その危機を知らせるべく、敵対しているハズの男女の呉越同船とも言える母星への帰還の旅が始まる・・・。
愛する者よ、死に候え……「二人手をたずさえて、両家を縛る宿怨の鎖を断ち切ろう」四百年の永きにわたる甲賀と伊賀の宿怨を断ち切り、共に生きることを誓い合う甲賀の弦之介と伊賀の朧。しかし、愛し合う二人は、殺し合う運命にあった……慶長十九年。齢七十三歳の家康は悩んでいた。暗愚の兄・竹千代か、聡明な弟・国千代か？混乱を極める徳川三代将軍の世継ぎ問題に決着をつけるため、甲賀を国千代派、伊賀を竹千代として忍法の二大宗家を相争わせ、それぞれの精鋭十人対十人の忍法殺戮合戦の結果、どちらか生き残ったほうにそれを賭けるという厳命を下した。 先代服部半蔵との間に交わされた「不戦の約定」が解かれ、手綱を解かれた猟犬のごとく、怨敵に挑んでゆく忍者達！己の肉体こそが最大の武器！人知を超えた秘術をもった、個性溢るる忍びの面々。老若男女二十人二十色、超人奇人が相乱れ、秘術の限りを尽くして繰り広げられる忍法争いがいま始まる！！凄惨な戦いの果てに、一人、また一人と失われていく仲間達……勝つのは甲賀か、伊賀か？ 果たして、生き残るのは一体誰なのか！？そして弦之介と朧、引き裂かれた二人の愛の行方は……？
