小学５年生の神原拓也は、弟の誕生日の日に携帯へ“未来を決めるゲーム”という謎のメールを受け取る。直感的にそのメールに何かを感じた拓也は指示通り駅に向かった。その途中、同じメールを受け取った謎の少年と共に、拓也は地下にある謎の電車へと乗り込む。電車の中には卓也のほかに、織本泉、柴山純平、氷見友樹という３人の子供たちも乗っていた。やがて電車は異世界であるデジタルワールドへと到着する。電車の正体はトレイルモンというデジモンだったのだ。到着した場所で眠っていた火のスピリットに選ばれた拓也は、火の闘士・アグニモンへと“スピリットエボリューション”する。デジモンへと進化する能力を手に入れ、伝説の十闘士の一人となった拓也。こうして泉、純平、友樹に加えて、そこで出会ったボコモンとネーモン、そして謎の少年・源輝二と共に、デジタルワールドを旅する冒険が始まる。
サマーキャンプにいた７人は何も知らずにいた。それが誰も知らない世界への冒険のはじまりになることを……。洪水。干ばつ。真夏にふる雪……。世界中がおかしかったその年の夏。サマーキャンプに来ていた太一たち７人の少年少女は、日本では見えるはずのないオーロラから飛来した謎の機械の力によって異世界デジタルワールドに吸い込まれてしまう。謎と危険に満ちたその世界で彼らを待っていたのは、なぜか太一たちの名前を知る奇妙な生物、デジタルモンスターだった。世界を狂わせる黒い歯車。次々と襲いかかる強大な敵。戦いの中で進化するデジモンたちの火花散る熱いバトル!! はたして太一たち７人の少年少女は無事に元の世界に帰ることが出来るのだろうか？そしてデジタルワールドに隠された大いなる秘密とは……!?
