クレヨン王国のシルバー王女は、笑顔がステキな女の子。だけど１２もの悪いクセを持っているので、カメレオン総理や１２色のクレヨン大臣たちは、いつも困っています。そんな王女の１２歳の誕生パーティーが盛大に開かれました。王女は会場で好みのタイプの少年を見つけますが、１２も悪いクセを持つ女の子になんて興味はないと、相手にしてもらえません。むくれるシルバーの傍らで、少年はシルバーの両親である国王と王妃を石に変えてしまいます！このままでは二人が死んでしまいます・・・王女は姿を消した少年を捜し、ついでに魔法を解いてもらうため、旅に出る決意をしたのでした。行く手には何が待っているのでしょう？可愛くて楽しくてドキドキと不思議がいっぱいの、大冒険の始まりです！
あの夏の日から３年。太一たち８人の“選ばれし子供たち”の活躍で平和を取り戻したデジタルワールドだったが、そこにデジモンカイザーと名乗る少年が突然現われて混乱を巻き起こしていた。カイザーはデジモンの進化を抑制するダークタワーを各地に立て、デジモンたちを操ることができるイービルリングで支配地域を広げる。一方、お台場に引っ越してきたタケルは太一に良く似た雰囲気の少年・本宮大輔と出会う。そしてかつての仲間であるヒカリと再会した。だがそこへデジタルワールドからのＳＯＳが届き、３本の光がデジタルゲートを通って現実世界へとやって来る。その光は新しいデジヴァイスだった。それを手にした大輔、京、伊織は新たな“選ばれし子供たち”として選ばれたのだ。さらに新しい力を手に入れたタケルとヒカリを加えた５人は、デジタルワールドを征服しようとするカイザーから平和を取り戻すため戦うことを決意するのだった！
サマーキャンプにいた７人は何も知らずにいた。それが誰も知らない世界への冒険のはじまりになることを……。洪水。干ばつ。真夏にふる雪……。世界中がおかしかったその年の夏。サマーキャンプに来ていた太一たち７人の少年少女は、日本では見えるはずのないオーロラから飛来した謎の機械の力によって異世界デジタルワールドに吸い込まれてしまう。謎と危険に満ちたその世界で彼らを待っていたのは、なぜか太一たちの名前を知る奇妙な生物、デジタルモンスターだった。世界を狂わせる黒い歯車。次々と襲いかかる強大な敵。戦いの中で進化するデジモンたちの火花散る熱いバトル!! はたして太一たち７人の少年少女は無事に元の世界に帰ることが出来るのだろうか？そしてデジタルワールドに隠された大いなる秘密とは……!?
