人間世界で生きていくのも、楽じゃねぇな。－－－時は昭和３０年代―。終戦から１０年が経ち高度経済成長が急加速で進む中、富む者は富んだが、社会の底辺では泥まみれになりながらも日々を生き抜いている人々が溢れていた。そんな社会に幽霊族最後の生き残りとして墓の中から生まれてきた鬼太郎。地獄とは？この世とは？生きる幸福を考察し尽くした水木しげるの哲学に立ち戻り、元祖・鬼太郎が人間を笑い飛ばし、生きる喜びを謳いあげていく。
みなさんの回りで不思議で奇妙なことが起きたら、それは妖怪の仕業に違いありません。たいていの場合妖怪がやるのは人を脅かしたり、人にいたずらしたりする程度です。でも気をつけてください。妖怪は僕たちのように人間に理解がある奴らとは限りませんから。人を狙い、襲う妖怪たちも多いんです。そんなやつらにあったら大変。人間の力なんかではとてもたちうちできるものじゃありません。妖怪って凄いんです。実をいうと、人間の味方をして妖怪が絡む事件を解決できたり、悪い妖怪をやっつけることができるのは僕、ゲゲゲの鬼太郎とその仲間たちだけなんです。だから怖いことがおきてしまったら、僕の名前をよんでください！僕の父さん、ネコ娘、砂かけばばあに子泣きじじいたちとともにみんなを怖い妖怪たちから守りつづけます。今度はあなたのところに、僕、ゲゲゲの鬼太郎たちが現れます！
魔方陣を使って悪魔を呼び出そうとしている小学生・埋れ木真吾。学校のみんなは悪魔に詳しい彼のことを「悪魔くん」と呼んでいた。ある日、真吾は町の中で本当の悪魔・百目と出会う。百目は真吾を見えない学校へと案内すると、校長をつとめるファウスト博士と引きあわせる。ファウスト博士は真吾こそ、探し続けていた一万年に一人現れるという救世主「悪魔くん」であると認めた。真吾は博士の指導を受けながら見えない学校を卒業。卒業の証としてソロモンの笛とタロットカード、メフィスト２世からは友情のしるしとして風呂敷マントを受け取った。この世の生きとし生けるものが幸せに暮らせる世界を目指して、彼は人間を不幸にしようとする悪い悪魔と戦うことを決意する。固い心の絆で結ばれた正しい悪魔「十二使徒」たちと共に！
世の中には不可思議な物事がたくさんある。なのに人間たちは、この世のすべてが自分たちだけのものであるかのようにやりたい放題。我が物顔で振るまい、やがて妖怪たちの領域をも脅かすようになった。近ごろ人間たちの上に降りかかる数々の災厄は、怒った妖怪たちの復讐だったのである。しかし鬼太郎は、良い人間だってたくさんいることを信じていた。だからこそ、ねこ娘や砂かけ婆、子なき爺やねずみ男といった仲間たちと共に、人間と妖怪の共存を信じて今日も戦い続けるのである。
妖怪ポストは救いを求める手紙で膨れ上がったまま、雨に打たれて立ち腐れようとしていた。鬼太郎はもうずっと前に、ゲゲゲの森から姿を消していたのだ。実は鬼太郎、妖怪たちとの戦いに疲れ切ってしまったのか、ひなびた漁村に住みかを移して、目玉おやじと共に晴耕雨読の生活を送っていた。平和な日々はいつまでも続くかに思えたが、運命が彼を放っておかなかった。突如現れた妖怪・泥田坊によって、世話になっていた少年の父が犠牲になってしまったのだ。それをきっかけに、鬼太郎はゲゲゲの森に戻って妖怪がらみの事件屋に復帰することになる。折しも時は高度成長期。欲望に憑かれた人々が人間らしい心を失ってゆく世の中では、さすがの鬼太郎も苦戦の連続だ。なぜなら醜く歪んだ人の心こそ、妖怪以上に妖怪らしい恐るべき存在だからである。
強い妖力と正しい心を持つ幽霊族最後の少年・ゲゲゲの鬼太郎。お化けにゃ学校も試験も何にもないというわけで、いつもは気楽にのんびりと暮らしている。だが、ひとたび妖怪ポストに救いを求める手紙を投げ込めば、カランコロンという下駄の音と共に彼はやってくる。知恵袋は目玉の姿をした父親、武器は霊毛で編んだ先祖の形見のちゃんちゃんこ、そしてリモコン操作のように自由自在に飛ばすことの出来るゲタだ。鬼太郎は人間のために、次々に現れる不気味で手強い妖怪と激闘を繰り広げる。かと思うと、不可思議なものへの畏れを忘れた傲慢な人間に、厳しい制裁を下す時もある。自称親友のずる賢いねずみ男をしりめに、彼は礼金も名声もいっさい望まず、事件を解決しては人知れず去ってゆくのだ。
文明が発達してもう一つの世界の存在を忘れてしまった人間たち。そのもう一つの世界の住人である妖怪たちは、そんな自然への恐れを忘れてしまった人間たちに対して怒り、容赦なく鉄槌を下そうとする。だがそんな妖怪から人間を守るために戦う者がいた。幽霊族最後の生き残りであるゲゲゲの鬼太郎だ。父である目玉親父と共に次々に起きる妖怪たちの事件を解決する鬼太郎。それを助ける子泣きじじい、砂かけばばあを初めとする頼もしい妖怪仲間たち。そして人間のように損得勘定で敵にも味方にもなる半妖怪ねずみ男のトラブルや、妖怪たちを悪の道に引きずり込む妖怪総大将のぬらりひょんの魔の手から人間たちを救い、いつの日かやって来る妖怪と人間たちが仲良く暮らせる世界を目指して戦うのだ。
