ついに魔女にしてもらうことを女王様と約束したどれみたちは、魔女界からの報せを毎日首を長くして待っていた。しかし何の連絡もないまま、とうとう新学期を迎えてしまう。始業式の朝、どれみたちが学校に行くと、金色の髪をした可愛い女の子が待っていた。女の子はどれみのことをよく知っているようだが、どれみはその子に見覚えがない。首をかしげていると、女の子はとんでもないことを言った。何と、自分はハナちゃんだというのだ。ハナちゃんはどれみたちと一緒に学校に通うため、自分に魔法をかけて６年生になってしまった。しかも、そのために魔力を使いすぎて、大切な水晶玉を割ってしまったらしい。美空小学校での最後の一年は、人間界の常識なんて少しも気にしないハナちゃんを加え、大騒ぎのうちに幕を開ける！
ハナちゃんを救うため魔法の水晶玉を失ってしまい、普通の女の子に戻ったどれみたち。自らを犠牲にして子供を守る無償の愛に免じて魔女に戻しては？と提案する女王様だが、元老院の魔女６人に反対されてしまう。水晶玉を持たないどれみたちが魔女になるためには6人の魔女が出す試験にすべて合格しなくてはならない。新しい仲間として‘ももこ’が加わって再び魔女見習いになったどれみたち。さて、難関を乗り越えて立派な魔女になることができるのか……？？
