あの夏の日から３年。太一たち８人の“選ばれし子供たち”の活躍で平和を取り戻したデジタルワールドだったが、そこにデジモンカイザーと名乗る少年が突然現われて混乱を巻き起こしていた。カイザーはデジモンの進化を抑制するダークタワーを各地に立て、デジモンたちを操ることができるイービルリングで支配地域を広げる。一方、お台場に引っ越してきたタケルは太一に良く似た雰囲気の少年・本宮大輔と出会う。そしてかつての仲間であるヒカリと再会した。だがそこへデジタルワールドからのＳＯＳが届き、３本の光がデジタルゲートを通って現実世界へとやって来る。その光は新しいデジヴァイスだった。それを手にした大輔、京、伊織は新たな“選ばれし子供たち”として選ばれたのだ。さらに新しい力を手に入れたタケルとヒカリを加えた５人は、デジタルワールドを征服しようとするカイザーから平和を取り戻すため戦うことを決意するのだった！
シルクロードを舞台に時代・空間を縦横無尽に飛びまわる冒険アニメーション。２００５年の中国・楼蘭に観光旅行に来ていた少年・ユートは、突然現れた２組のタイムトラベラーの争いに巻き込まれ、いっしょに過去のシルクロードへと時間を飛び越えてしまいます。実はこの２組は２４世紀についに完成したタイムマシーンを使って仲の悪い２人の富豪が「シルクロードの秘宝」という、あの三蔵法師がガンダーラから持ち帰った「雪ダルマ大師像」を、持ち帰るよう命令されたエージェント。しかしこの「雪だるま大師像」はいつも目の前で光の粒となってどこかに消えてしまいなかなか捕まえられない。そんなわけで時代を超えてシルクロードのお宝探しに偶然巻き込まれながらも、ワクワクしながら冒険旅行をしていくユートと２チームのエージェントたちのストーリー。
