魔方陣を使って悪魔を呼び出そうとしている小学生・埋れ木真吾。学校のみんなは悪魔に詳しい彼のことを「悪魔くん」と呼んでいた。ある日、真吾は町の中で本当の悪魔・百目と出会う。百目は真吾を見えない学校へと案内すると、校長をつとめるファウスト博士と引きあわせる。ファウスト博士は真吾こそ、探し続けていた一万年に一人現れるという救世主「悪魔くん」であると認めた。真吾は博士の指導を受けながら見えない学校を卒業。卒業の証としてソロモンの笛とタロットカード、メフィスト２世からは友情のしるしとして風呂敷マントを受け取った。この世の生きとし生けるものが幸せに暮らせる世界を目指して、彼は人間を不幸にしようとする悪い悪魔と戦うことを決意する。固い心の絆で結ばれた正しい悪魔「十二使徒」たちと共に！
太古の時代、地球は恐竜たちが支配していた。しかし突如として降りそそいだ宇宙線・ゲッター線を避けるため、彼らは地底の奥深くに潜らざるを得なかった。時は過ぎ、独自の進化を遂げた恐竜たちは、再び地上の支配者となるべく現代の世界に姿を現した。残忍な支配者・帝王ゴールに率いられ、バット将軍やガレリィ長官が人類絶滅のために機械化恐竜・メカザウルスを繰り出してきたのだ。しかも彼らの背後には、恐竜帝国の真の支配者である・大魔神ユラーが控えている。いち早く危機に気付いたのは、ゲッター線の有効利用によって宇宙開発を進める早乙女研究所だった。研究所の責任者である早乙女博士は、高校生のリョウ、ハヤト、ムサシの三人に宇宙開発用に作り上げたゲッターロボを兵器として与え、研究所を世界防衛の最後の砦にすることを決意する。三人は各自のマシンの能力と三パターンの合体を駆使し、次々と襲い来る機械化恐竜に立ち向かってゆく。
