ラオウとの死闘から5年、ケンシロウの手で取り戻したはずの平和は乱れ、天帝を操る総督ジャコウによって、再び世は混沌に投げ出された。そんな天帝軍に北斗の旗を掲げ、反乱を起こす成長したリンとバットの前にケンシロウが姿を現す！賞金稼ぎのアイン、元斗皇拳継承者ファルコとの対決の中で天帝ルイとリンの出生の秘密が明かされる。修羅の国での北斗琉拳の使い手シャチ・羅将ハン・ケンシロウの実兄ヒョウとの死闘。そして北斗宗家２０００年の深い愛と哀しみを心に刻み付け、悪に身を染めたラオウの実兄・魔人カイオウとの最終決戦！勝利の女神はどちらに微笑むのか……？
