まだ空間さえなかったころ。一筋の光が差し込んだ後、「真白域」と「真黒域」というふたつの世界が生まれる。真白域には超聖神ディアナ、真黒域には超聖神クロノズーが現れ、それぞれの世界を治めた。だが、ふたりの超聖神はとても仲が悪く、お互いを滅ぼそうと戦いを始めてしまう。戦いの真ん中に生まれた「まとば」と呼ばれる不思議な世界に、あるとき７つの流れ星が降り注いだ。その流れ星を偶然に目撃したお守りの聖光ゲンキと聖太子ジェロは、記憶をなくした十字架天使という天使とカメに出会った。そのカメから現れた未来の天使ヘッドであるスーパーゼウスから、７人の若神子を探し出して真白域にいるディアナに会いに行くよう言われたのだった。やがて最初の若神子のヤマト王子と出会った一行は、残りの若神子を捜して、まとば世界を旅することに。しかし、まとばにも、クロノズーの命を受けて天使やお守りを悪魔に変えようとする、魔妃ネロクイーンの魔の手が忍び寄っていたのだ！
天下一武道会の壮絶な闘いから５年。世界は、平和を手に入れ、孫悟空も最愛の妻・チチとの間に息子・悟飯が誕生し、平穏な日々を過ごしていた。しかし、ある日突然、強靭な尻尾を持つ謎の男・ラディッツの出現によって、平和はもろくも崩れ去る。その想像を絶するパワーは、悟空や弟弟子のクリリンさえも一撃で倒してしまうほど強力。このラディッツこそ、惑星ベジータが全滅した時、奇跡的に生き残った悟空の兄だったのだ。ラディッツは卑怯にも悟飯を人質に取り、自分たちの仲間に加わることを悟空に強制する。兄たちの狙いは、地球に住む人々を絶滅させて、地球を我がものとすること。一大危機に見舞われた悟空は、宿命のライバル・ピッコロ大魔王と手を組み、兄ラディッツと対決するが…。
時は今より少し昔…、昭和の時代。長崎のとある廃坑街に、人並み外れた巨体を持つ一人の若者がいた。その青年、姓は坂口、名を松太郎という。のたりのたりと日がな一日遊び回って、誰が呼んだか、のたり松太郎！ もう成人しているというのに留年を繰り返し、未だ中学生をやっているというフダツキの暴れん坊だ。今日も今日とて学校を勝手に早退し、ぶらり気ままに街を行く松太郎。そのうちに腹が減って家に帰ってみても、母は仕事でメシはナシ。仕方なく松太郎は、未だに石炭を掘って生計を立てている変わり者・西尾のじいさまの元へと向かうが…。
はるか昔に栄華を誇っていた古代文明アトランティスは、悪魔の力によって崩壊。伝説王と月の女王によって封印された悪魔は、ふたりの子孫が出会ったとき、再び現れるという呪いの言葉を残した…。そして現在、魔法学校にむりやり閉じ込められていた少年ガリバーは、胸騒ぎの導くまま故郷のベニスへ向かう。そのベニスには、悪名高いイスパニアの皇帝ジュドーが軍勢を率いて攻め込もうとしていた。ガリバーの父親であるパパ・トスカーニは話し合いで解決しようとするが、非道にもジュドーの手によって惨殺されてしまう。父の仇であるジュドーに戦いを挑む決意をするガリバー。そのガリバーと一緒に冒険するのは、幼なじみで天才科学使いのエジソン、ジュドーに狙われていた謎の少女ミスティ、ガリバーに一目惚れした妖精のフィービー。空想科学世界を舞台に、波瀾万丈の日々が幕を開ける！
ある日、工藤タイキは不思議なメロディを聞く。そして、今にも力尽きそうな誰かの息づかいと、助けを呼ぶ声…。「俺には、放っとけない！」タイキの心と声の主・シャウトモンの心が結ばれた時、謎のデバイス・デジモンクロスローダーが現れた！ 消え入りそうなシャウトモンのメロディがクロスローダーに吸収され、タイキは異世界へと引きずり込まれてしまう。
